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En cada uno de los catorce apartados de Distrito o Audiencia conviene distinguir (siguiendo criterios de procedencia, original o próxima, cronológicos, de estructura de los inventarios recibidos y de índole interna) los siguientes grupos:

1º. Simancas.
Documentación que el Consejo fue remitiendo a aquel Archivo y que de allí se envió a Sevilla en 1785. Cronológicamente corre desde los orígenes hasta el año 1700.
Dentro de ella, se distinguen tres subgrupos: "Secular y eclesiástico", "Secular" y "Eclesiástico". Excepcionalmente la Audiencia de México carece del primero, pero, dadas las doctrinas y más aún las prácticas regalistas, el grupo secular resulta también, en muchas series, secular y eclesiástico.

2º. Secretarías del Consejo, o simplemente Secretarías.
Esotos documentos llegaron a Sevilla estos papeles en 1788 y 1789 directamente de los archivos de las dos Secretarías que había creadas en el Consejo de Indias desde 1604. Salvo por esa diferencia de procedencia próxima, este grupo es igual al anterior y mera continuación cronológica de él.
Sus papeles corren de 1700 hasta 1760, tope fijado cuando la fundación del Archivo de Indias. Importa advertir que la primera fecha queda rebasada hacia atrás en muchísimos casos, porque el Consejo había retenido sin enviarlos a Simancas papeles anteriores a 1700 (o los pidió de allí de nuevo), como antecedentes o por otras causas. Por eso son muchas las series de este grupo que arrancan con documentos hasta de principios del siglo XVII y aún de fines del XVI; pero importa tener en cuenta que siempre son contadísimos en ellas los de fecha anterior a los finales del XVII.
A este grupo es aplicable todo lo dicho en el anterior sobre los tres subgrupos.

3º. Registros.
Son los famosos Libros Registro, o Cedularios, del Consejo de Indias, verdadero Boletín Oficial manuscrito de toda la legislación indiana. El Consejo los retuvo y no los remitió hasta 1828 y ésta es la única causa de que no estén, como debían, con la documentación de los dos grupos anteriores, pues cronológicamente arrancan desde el origen mismo. En cambio, estas series terminan antes de lo debido con respecto a las otras Audiencias, ignorándose el motivo y, lo que es más de lamentar, el paradero de los registros posteriores. Hasta ahora han sido inútiles las gestiones que realizadas para averiguarlo.
Las fechas finales difieren en las distintas Audiencias, según dependan de la Secretaría de Nueva España o de la del Perú, y son más próximas y variables en las primeras, oscilando entre 1761 (México) y 1808 (Filipinas), mientras las del Perú (con excepción de Lima y Panamá que siguen) terminan todas en 1717, prueba de que ésa fue la fecha tope fijada, aunque ignoremos por quién y para qué. Sólo sabemos que nunca vinieron a este Archivo y que su desaparición es una dolorosa falta.
Aunque este grupo aparezca en los inventarios dentro del de "Consejo y Ministerios" (el siguiente grupo a tratar), se puede proceder a a formar con él grupo exento. Conviene también no olvidar que tiene carácter plenamente mixto de secular y eclesiástico.

4º. Consejo y Ministerios.
Se une en este grupo (al parecer por la responsabilidad del archivero Aniceto de la Higuera, de mediados del siglo XIX) la documentación del Consejo posterior a 1760, con otra procedente de las Secretarías de Despacho y sus sucesores los Ministerios queentendieron en la gobernación de las Indias o en algún aspecto de ellas en los siglos XVIII y XIX . Es sabido que desde 1717 hubo una Secretaría de Marina e Indias y que ésta se desdobló en 1754 funcionando una privativa de Indias hasta 1787. A la muerte de su titular, José de Gálvez, se dividieron sus asuntos. Por un lado se estableció una para los asuntos de gracia, justicia y materias eclesiáticas; por el otro los de guerra, hacienda, comercio y navegación, cada uno de ellos con titular propio hasta 1790. A partir de esta fecha se mantuvo el criterio de distribuir los asuntos americanos entre las diversas Secretarías del Despacho peninsulares.
En este grupo, la documentación que no es del Consejo corresponde, bien a la Secretaría Privativa y Universal de Indias, bien a los asuntos de Gracia y Justicia; también a los del Ministerio de la Gobernación de Ultramar de los períodos constitucionales a partir de 1812. La correspondiente a Hacienda, Guerra y Marina forma dentro de este grupo 4º. subgrupos especiales.
Hay también un subgrupo "Eclesiástico" pero es de advertir que, a tenor de la ideología y prácticas de la época, más regalista aún que las anteriores, todo el resto del grupo debe considerarse más bien como secular y eclesiástico que como secular sólo.
Cronológicamente el grueso de este grupo corre de 1760 a 1820. Lo anterior y posterior es residual y esporádico.