Alcance y Contenido:

- Consulta del Consejo de Indias con vista del real decreto de 8 de junio de 1682 proponiendo que se escriba al virrey de Nueva España para que se informe si son ciertos los delitos que se le imputan a Juan de Vargas de haber traficado y de serlo le ponga preso y nombre gobernador que sirva en ínterin y remita los autos para que el Consejo sentencie en Justicia.
R.: Que se envíen título y despachos en blanco al conde de Paredes para que nombre sustituto, envíe comisión de pesquisa y remita la causa al Consejo.
- Real decreto a Vicente Gonzaga para que el Consejo de Indias consulte cuanto antes la forma de atajar los malos procedimientos de Juan de Vargas en el gobierno de Filipinas. Madrid, 8 de junio de 1682. Inpresos.
- Nota de secretaría sobre los despachos para el conde de Paredes. Consejo, 10 de junio de 1682.
- Oficio de Vicente Gonzaga a Francisco Altamira con papel de José de Veitia sobre que se sentencie la causa de Juan de Vargas en la Audiencia de Manila. Madrid, 2 de julio de 1682.
- Copia del papel de 2 de julio de 1682 de José de Veitia a Vicente Gonzaga conformándose S.M. con que se sentencie en Filipinas
- Real decreto a Vicente Gonzaga para que se vea el memorial de Pedro de Ardila sobre Juan de Vargas. Madrid, 3 de octubre de 1682.
- Dos memoriales de Pedro de Ardila, en nombre de Juan de Vargas, su yerno, uno, pidiendo que se le admita la dejación que tiene hecha del gobierno y se nombre ministro que le tome residencia y otro sobre Sebastián Rayo Doria. Sin fecha.