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Las Juntas de Negocios Contenciosos, creadas por el Gobierno de José I, funcionan entre febrero de 1809 y agosto de 1812 para encargarse de los asuntos contenciosos que quedaron pendientes en el suprimido Consejo de Castilla, como tribunal interino hasta la creación del Tribunal de Reposición que contemplaba la Constitución de Bayona.
No se ha identificado más que la documentación correspondiente a la Escribanía de Gobierno de las mencionadas Juntas, y la documentación perteneciente a las demás escribanías de cámara parece ser que pudiera estar con la documentación de las escribanías del Consejo de Castilla.
El escribano de gobierno de las Juntas fue Bartolomé Muñoz, que ya había ejercido este mismo cargo en el Consejo de Castilla, y que también estuvo durante cierto tiempo a cargo del archivo. Esto explicaría, en cierto modo, porqué en ocasiones, entre la documentación de las propias Juntas de Negocios Contenciosos, aparece documentación anterior al funcionamiento de éstas.