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Como su propio nombre indica, bajo este epígrafe reunió el Consejo de indias, formando series, cartas vistas y decretadas en el mismo y expedientes (conjunto de documentos originados y/o acumulados en el discurrir del trámite administrativo de un asunto, dimanado de una carta o de una petición o memorial). En toda la serie se mezclan ambos, -cartas y expedientes-, estableciéndose divisiones o subseries en función del sujeto productor de los mismos. Con respecto a dicho sujeto está diversificado hasta 1759, mientras que a partir de ahí el Consejo mezcló en buena parte los expedientes de las más diversas autoridades, tanto civiles como eclesiásticas, en una sola serie llamada simplemente "Cartas y Expedientes".
Tambien pertenecen a esta serie expedientes y testimonios de autos sin carta, que el Consejo separó por su volúmen.

Las materias que abarca la serie son las propias de las competencias de las autoridades de las que dimanan los expedientes, o asuntos de merced, gracia, justicia o administración en el caso de los particulares. Comprende:

AUTORIDADES SECULARES

SS.1.- De virreyes del Nuevo Reino de Granada. Legajos 286-292. Años 1721-1759.

SS.2.- De presidentes y oidores de la Audiencia de Santa Fe. Legajos 16-36, 293-306. Años 1547-1759

SS.3.- De visitadores y jueces de comisión. Legajos 56A-59. Años 1546-1693.

SS.4.- De gobernadores. Legajos 37-48, 49-50, 51, 307, 435-447, 504-510. Años 1531-1759.

SS.5.- De corregidores. Legajo 308. Años 1701-1756.

SS.6.- De cabildos seculares. Legajos 60-67, 309, 448, 511, 1183. Años 1535-1819.

SS.7.- Del Tribunal de Cuentas de Santa Fe. Legajos 52-55, 310-315. Años 1597-1759

SS.8.- De oficiales reales. Legajos 68-79, 317-320, 449-455, 512. Años 1535-1759.

SS.9.- Del Juzgado de Bienes de Difuntos de Santa Fe. Legajo 316. Años 1708-1759.

SS.10.- De la Casa de la Contratación y de los Consulados de Sevilla y Cádiz. Legajo 340. Años 1686-1756.

AUTORIDADES ECLESIÁSTICAS

SS.11.- De arzobispos de Santa Fe. Legajos 226-227, 396-398. Años 1573-1757.

SS.12.- De obispos. Legajos 228-229, 230, 488-491, 518-523, 1171, 1247-1248. Años 1535-1819.

SS.13.- De cabildos eclesiásticos. Legajos 231, 232, 399-400, 492-493, 524, 1172. Años 1543-1810.

SS.14.- Del Tribunal de la Inquisición de Cartagena de Indias. Legajos 251-252, 494-495. Años 1580-1755.

SS.15.- Del Tribunal de la Santa Cruzada de Cartagena de Indias. Legajos 401. Años 1702-1759.

AUTORIDADES CIVILES Y ECLESIÁSTICAS

SS16.- De autoridades seculares y eclesiásticas (cartas de recomendación). Legajo 752. Años 1770-1780.

PARTICULARES CIVILES

SS.17.- De particulares seculares ("'Cartas y expedientes de personas seculares"). Legajos 80-121, 321-339. Años 1527-1698.

PARTICULARES ECLESIÁSTICOS

SS.18.- De particulares eclesiásticos ("Cartas y expedientes de personas eclesiásticas"). Legajos 233-250, 402-409. Años 1534-1759.

AUTORIDADES Y PARTICULARES CIVILES Y ECLESIÁSTICAS

SS.19.- De autoridades y particulares, civiles y eclesiásticos. Existen los siguientes grupos:

- "Cartas y expedientes": Legajos 187, 188, 670-730, 731, 1023-1079, 1083A-1086, 1184, 1185-1199. Años 1534-1827.

- "Expedientes pendientes de informe". Legajo 751. Años 1769-1798.

- "Expedientes resueltos". Legajo 1201-1203. Años 1801-1819.

SS.20.- Expedientes sueltos y testimonios sin carta. Legajos 189-214, 253-261, 350-395, 410-417A , 458-495, 513-516, 525-526, 753-756, 834, 976, 999-1004, 1018, 1020, 1148-1149, 1238-1240. Años 1583-1819.