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Carta de Juan Núñez, vecino de Manila, dando cuenta cómo los gobernadores sólo atendían a sus parientes y criados, no recompensando a los beneméritos y antiguos servidores, que se encuentran pobres y necesitados, incumpliendo así cédulas reales. Pide se resuelva esto para bien suyo y de todos los que están como él. (Cat. 5320)
- Petición de Juan Nuñez al gobernador de una encomienda en la provincia de Cagayán, vaca por muerte de Juan de Arconaga y se haga parecer una información de oficio que mandó hacer Luis Pérez das Mariñas sobre sus servicios. 6 de febrero de 1597.
- Memorial de Juan Nuñez sobre su excomunión y pérdida de su oficio de juez. Pide se le conceda la alcadía mayor de Tondo o la de toda la Pampanga, el despacho de los sangleyes para enviar a China o el despacho de la carga de las naos y que de no ser posible ninguna de estas mercedes se le de licencia para ir a Nueva España como capitán de un navío, por no querer morir en esta tierra. Envía dos testimonios de las visitas que le han realizado. (Cat. 5321)
- Carta de Luis Pérez das Mariñas, a Juan Núñez, teniente de alcalde mayor de Tondo comunicándole que tratará de él con el gobernador.
- Carta Luis Pérez das Mariñas a Juan Clavijo, alférez y alcalde mayor de Tondo, mandando haga información sobre el uso del oficio de Juan Núñez. 23 de marzo de 1596. Testimonio de Juan Clavijo sobre el uso del oficio de Juan Núñez. Tondo, 25 de marzo de 1596.
- Testimonio de la visita realizada por Alonso de Contreras, visitador general de estas islas, en la encomienda de Passi, que es del capitán Tomé de la Isla, sobre el ejercicio del oficio de Juan Núñez, teniente de alcalde mayor de Tondo y la costa. Passi, 23 de diciembre de 1596.
- Testimonio del fallo de la visita realizada por Rodrigo González de Barreda, visitador general de estas islas, a Juan Núñez, teniente que ha sido de esta provincia y encomienda. 3 de febrero de 1597.