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Carta de Juan Núñez a Fernando de los Ríos Coronel, procurador general de Filipinas en la corte, agradeciéndole sus buenos oficios ante el virrey de Nueva España para solucionar los problemas de los vecinos de Manila. Informa de que don Pedro [de Acuña, gobernador de Filipinas] sacó casi toda la gente para llevarla a la jornada del Maluco, dejando Manila desguarnecida; avisa de la pérdida de la nao Jesús María; el alboroto que causaron los japoneses que vivían en Manila; se queja de que no se cumplen las reales cédulas sobre el reparto de encomiendas y de toneladas y que los criados de los gobernadores son los que gozan los aprovechamientos de la tierra. Refiere el incendio de la ciudad. Pide que interceda por él para conseguir las mercedes que pretende: una encomienda, o reparto de toneladas, y permiso para escribir al rey sobre lo que ocurre en aquellas islas. Menciona el exceso de licencias que se dieron a los sangleyes, por lo que se reunieron más de 20.000 y esto fue la causa de la sublevación. Propone al arcediano Arellano como arzobispo, y pide a Ríos Coronel que le encomiende al próximo gobernador que vaya destinado a Filipinas. Acompaña:
- Memorial de Juan Núñez para que el escribano de Cámara le dé todas las peticiones que ha hecho hasta ahora para que queden en poder de sus hijos, pues él se muere. 3 de abril de 1606.
- Memorial de Juan Núñez al gobernador de Filipinas Pedro de Acuña, sobre haber presentado una serie de peticiones ante la Audiencia de esa ciudad en las que solicitaba que se le concediese alguna merced para sustentar a su familia, y como éstas aún no han sido atendidas, suplica que le dé en nombre de S.M. lo que por sus méritos y servicios merezca. Manila, 16 de junio de 1606.
- Memorial de Juan Núñez suplicando que se le conceda una merced, pues está muy pobre y con su familia muriendo de hambre. Pide que se vean las certificaciones que presenta de sus méritos y servicios. 22 de diciembre de 1605.
- Otro memorial citando el anterior y pidiendo que se le conceda un oficio. Tal como se decretó entonces, propone él mismo los que están vacantes o pueden ser provistos.Manila, 12 de enero de 1606.
- Otro memorial pidiendo una encomienda en Cagayán, que está vacante por muerte de Juan de Moya. Sin fecha.
- Otro memorial pidiendo que se vean las reales cédulas que tratan de la gratificación a beneméritos. Pide que se le conceda un oficio en el parián de sangleyes, o una encomienda. 9 de febrero de 1606.
- Otro memorial en que dice haber presentado muchas peticiones para que se premiasen sus servicios en esas islas, y no se le ha gratificado a pesar de estar ordenado por reales cédulas que se premie a los vecinos beneméritos. Pide que se vean dichas cédulas y se manden cumplir, y que por pedir justicia no se le haga mal. Sin fecha.
- Otro memorial en que pide el oficio del Parián, y si no el de la Pampanga o el de Tondo. 6 marzo 1606. Incluye un informe de Garpar Alvarez sobre cuándo quedan vacantes los oficios que pide Juan Núñez: la alcaldía mayor de la Laguna que sirve Juan Antonio de Padilla; la de Balayán que sirve el capitán Cotelo; la de Bulacán que sirve Pedro de Chaves; la de la Pampanga que sirve Juan Alonso de Mújica; la de Tondo que se ha prorrogado; y la alcaldía del Parián de los sangleyes que está sin cubrir.
- Otro memorial pidiendo que se le dé alguno de los oficios que están vacantes. 16 de marzo de 1606.
- Otro memorial diciendo que está enfermo y viejo, y que se le conceda el oficio que está vacante en el Parián de los sangleyes, que tantas veces ha suplicado. 6 de abril de 1606.
- Traslado pedido por Juan Núñez de sus certificaciones de méritos y servicios. Manila, 30 de junio de 1606.