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No se sabe de que obispo se trata, en la documentación consta que es obispo de Ambrona, pero en realidad no se ha podido identificar.
La villa de La Algaba (Sevilla) había pertenecido a Juan Alonso Pérez de Guzmán, I conde de Niebla. Cuando Juan de Zúñiga contrae matrimonio con Leonor de Guzmán, hija de dicho conde, éste se compromete a dar en dote 10.000 doblas, de las cuales, 8.000 son hipotecadas sobre la villa y en su defecto en empeño. La cantidad prometida en dote no se pagó en los plazos acordados, por lo que Juan de Zúñiga, tomó posesión de ella. La hija que éste tuvo con Leonor, Elvira de Zúñiga, será la heredera de La Algaba, tras el fallecimiento de sus padres. Al ser menor de edad, Diego López de Zúñiga, tío de Juan de Zúñiga, se ofrece como tutor de la hija de su sobrino, a la que llama "sobrina". Tras el fallecimiento de Elvira, el heredero de La Algaba, según el testamento de aquella, es Diego, que toma posesión del dicho lugar, convirtiéndose en señor. Éste, a su vez, en su testamento, funda mayorazgo a favor de su hijo Pedro López de Zúñiga, incluyendo entre las posesiones La Algaba. Sin embargo, los herederos del I conde de Niebla reclamarán dicha posesión, poniendo en duda la legalidad de los actos documentales otorgados por Juan Alonso Pérez de Guzmán, I conde de Niebla, a favor de Juan de Zúñiga.