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Cuando se inició el proceso por el asesinato de Escobedo, Antonio Pérez vendió su casa de campo al genovés Baltasar Cataño para así poner sus bienes a salvo de la confiscación. Sin embargo la venta no fue aceptada por el rey por lo que se acordó que Cataño traspasase la propiedad a la princesa de Éboli, quien pagaría a Antonio en un censo que impuso a su favor sobre las rentas del Estado de Mélito.
En enero de 1585 se dictó la sentencia del proceso de la visita en la que se dispuso entre otras cosas que Antonio Pérez restituyera a los hijos de la princesa el dinero que había cobrado ya por el censo, pero respetando su derecho a reclamarle el importe total del mismo.
En 1588 Felipe II mandaba a Nápoles a Alonso Jiménez como gobernador de los Estados de Mélito con encargo de oponerse al pago de los censos. El duque de Francavilla, hijo de la princesa de Éboli, había ratificado la voluntad de su madre pero su hijo mayor, Pastrana, se opuso. Antonio Pérez actuó desde España a través de sus agentes en Nápoles, que eran fundamentalmente su primo Gonzalo Pérez del Hierro, Miguel Zapullo y Colantonio Guizzarello. El abogado de la princesa era Fabricio de Urso. Los censos estaban impuestos a nombre de Juan de Tobar, primo de Antonio Pérez, y de otro amigo llamado Juan Pablo Pianta. También intervino en todo ello, el ex gobernador de Mélito, Juan Rubio, el padre de "El Pícaro", cómplice luego del asesinato de Escobedo.
La parte de Antonio Pérez alegaba que el gobernador Jiménez no podía oponerse al pago de los censos sin un mandato expreso de la princesa, quien mientras no nombrase heredero al duque de Pastrana seguía siendo la titular. Jiménez insistía basándose en la sentencia del proceso de la visita pero Pérez hacía valer que esa sentencia le reservaba su "derecho salvo". No obstante, las gestiones de Pérez y de las personas que le ayudaban desde Italia permitieron el traslado de los papeles del pleito a Madrid y que el rey ordenara la reanudación del pago del censo en julio de 1589. Si Antonio Pérez volvió a cobrarlo será por poco tiempo pues al año siguiente se fugó de Madrid y una sentencia declaró la incautación de todos sus bienes.