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Besanzón fue una Ciudad Imperial Libre durante casi 400 años aunque tras la llamada sorpresa de Besanzón en 1575 la ciudad tendrá una guarnición de 400 soldados de la Monarquía Hispánica.

El tratado de intercambio entre la ciudad alemana de Frankenthal (perteneciente al rey de España) y Besanzón (posesión del Sacro Imperio Romano Germánico), fue aceptado finalmente por los ciudadanos en 1664. Así, Besanzón perdió su estatuto de Ciudad Imperial Libre y se convirtió en una posesión de la Corona Hispánica. La tregua no duró mucho: el 8 de febrero de 1668, el ejército de Luis II de Borbón-Condé entró en la ciudad tras la capitulación de las autoridades locales. La ocupación francesa no fue bien recibida y las tropas francesas se retiraron el 9 de junio del mismo año.

El 26 de abril de 1674, Luis II de Borbón-Condé regresó y tomó posiciones frente a la ciudad a la cabeza de un ejército compuesto por entre 15 000 y 20 000 hombres. Después de un sitio que duró 27 días , en el que estuvieron presentes Luis XIV de Francia, Vauban y el Marqués de Louvois, la ciudadela cayó en manos de los sitiadores el 22 de mayo. La Paz de Nimega firmada el 10 de agosto de 1678 ligó definitivamente la ciudad y su región al reino de Francia.