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Se trata de correspondencia y escrituras relativas a las actuaciones y gestiones realizadas por Antonio Pérez y su entorno más cercano en el proceso de visita y en el criminal por la muerte de Juan de Escobedo, secretario de Juan de Austria. Se conservan además algunos documentos correspondientes al tiempo en que Pérez estuvo en la cárcel de los manifestados de Zaragoza.
En julio de 1779 Antonio Pérez fue detenido junto a la princesa de Éboli por el asesinato de Escobedo. Mientras que Ana de Mendoza pasó el resto de su vida en su palacio de Pastrana, su cómplice fue trasladado de un lugar a otro. Madrid, Turégano, Torrejón de Velasco y Pinto fueron sus presidios.
Mientras se encontraba en la fortaleza de Turégano conoció la sentencia de la visita, pesquisa iniciada 1582 para investigar su gestión como secretario del rey. Antonio Pérez fue condenado a dos años de reclusión, suspensión del cargo de secretario, destierro durante diez años y una indemnización a los hijos de la princesa de Éboli.
Su última prisión en Castilla fue la casa de Cisneros en Madrid, donde recibió tormento por orden de Felipe II, que pretendía obtener del reo una confesión sobre las causas que le llevaron a matar a Escobedo con consentimiento real. Tras autoinculparse por el crimen huyó a Zaragoza en abril de 1590, donde se acogió a los fueros aragoneses. No por ello cesó la persecución real sino que se le abrieron nuevos procesos: el criminal, por el asesinato de los astrólogos Pedro de la Hera y Rodrigo Morgado, el de Enquesta y el Inquisitorial, por el que fue condenado a muerte por hereje en 1592, cuando ya estaba fugado en Francia.