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El control de entrega de expedientes gestionados o recibidos por la Audiencia Territorial y enviados a otros organismos judiciales fue una actividad que, si bien no aparece regulada específicamente en la normativa, se mantuvo como control interno, especialmente desde mediados del siglo XX hasta la supresión de la Audiencia Territorial.

Dentro de este control, destaca fundamentalmente el mantenido con los asuntos que se enviaban desde la Secretaría de Gobierno a la Fiscalía de la Audiencia, así como sobre los procesos que se entregaban a la Audiencia Provincial de Valladolid, puesto que al compartir sede con la Audiencia Territorial, muchos procesos eran enviados a esta por ser la instancia superior y luego se entregaban a la Provincial.