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El control de los ingresos y gastos derivados a la actividad judicial del propio tribunal era responsabilidad de la Secretaría de gobierno de la Audiencia Territorial. Así, esta unidad fue la responsable de controlar, desde los honorarios que debían abonarse a los peritos y testigos, en aplicación de las Ley del 14 de septiembre de 1882 de Enjuiciamiento Criminal (artículos 465 y 722) y la posterior Real Orden del 14 de septiembre de 1899 reguladoras de las dietas e indemnizaciones a jurados, testigos y peritos.

Igualmente, los depósitos judiciales o consignaciones, entendidos ambos como cantidades de dinero que se abonan en una determinada causa ante una autoridad judicial y quedan a disposición de que esta resuelva sobre ella, quedaban asentados mediante libros o registros copiadores bajo control de la Secretaría de Gobierno, en aplicación del Real Decreto de 24 de diciembre de 1960 sobre depósitos y consignaciones por mandato judiciales y más tarde del Decreto 2472/1971 y la Orden 23 de noviembre de 1971 que dicta normas específicas para regular el contenido de dicho decreto.

Fruto de esta actividad fiscalizadora de los gastos e ingresos, podemos ver cómo el Archivo conserva tan sólo algunos libros o cuadernos de control de depósitos, multas, pagos a terceros, etc. creados a partir de la segunda mitad del siglo XX.