La Casa de la Pia Canonja, también conocida como Casa de la Pia Almoina, fue construida entre los siglos XV y XVI para albergar la Pia Almonia, una institución caritativa vinculada a la Catedral de Barcelona.

Desde 1950 se planteó la idea de instalar en la Casa de la Pia Almonia el Museo Diocesano, hasta entonces ubicado en la sede del Seminario Conciliar barcelonés. Sin embargo, el traslado no se aprobó hasta 1988. Las obras de adecuación del edificio se iniciaron en 1989 y se desarrollaron en distintas fases hasta 2003.