Hija del licenciado Lope de Guzmán y Guzmán de Aragón, señor de Villaverde, oidor de la Chancillería de Granada y gentilhombre de cámara de Felipe II, y de Leonor de Luján, hija de Francisco de Luján. Hermana de Juan de Guzmán, patriarca de las Indias.

Fue la segunda mujer de Martín Cortés y Zúñiga, II marqués del Valle de Oaxaca, con el que firmó capitulaciones matrimoniales en Tomar (Portugal) el 25 de abril e 1581. No tuvieron hijos.

En 1560 se incorporó a la corte de Isabel de Valois como dama, donde la introdujo su padre, que había sido nombrado maestrescuela de la nueva reina y había organizado su viaje de venida hasta la frontera. Abandonó la corte en 1567 a causa del escándalo que ocasionaron sus amores con Fadrique de Toledo, primogénito del duque de Alba, para ser recluida en el convento de Santa Fé de Toledo, donde permaneció doce años. Volvió a la corte por intercesión de Juana de Velasco, duquesa de Gandía, adquiriendo un papel importante en el aparato de mujeres de la casa de Margarita de Austria. Fue nombrada aya de la infanta Ana Mauricia, futura reina de Francia, que nació en 1601.

En 4 de octubre de 1603 fue detenida acusada de formar parte de la conspiración contra el valimiento del Duque de Lerma procedente de la cámara de la reina, y se la exilió de la corte. En 1608 regresó a Madrid, exonerada de culpa, pero no se incorporó a palacio. En 1613 el Duque de Lerma, con quien mantendrá una relación de amistad después de su caída, dispuso que se le continuasen pagando los 2.000 ducados que recibía como aya de sus altezas, incluidos los habidos desde su procesamiento. Al final de su vida, fue nombrada aya de Isabel de Borbón, cargo que ejerció durante unos meses hasta su muerte.

Murió en Madrid el 14 de octubre de 1621.

La Biblioteca Nacional y el Archivo General de Palacio conservan documentos relativos a la participación de María de Guzmán en la conspiración contra Lerma en:

BN, ms.18191, h.192-201v.

AGP, exp. 1064,2.