Este edificio, alberga actualmente el Archivo General de Indias, aunque fue sede de diferentes instituciones a lo largo de sus más de 400 años de historia.

A raíz del establecimiento en Sevilla de la Casa de Contratación de las Indias en 1503, el comercio internacional que la ciudad de Sevilla sostenía se vio fuertemente incrementado. A los tradicionales grupos de comerciantes, nacionales y extranjeros, instalados en la ciudad, y cuya actividad estaba centrada en Europa y el norte de África, se sumarían un nuevo colectivo de mercaderes que se especializaría en el comercio de las Indias. Para sus tratos y negocios se agrupaban en el Consulado, utilizando las gradas de la catedral para ello. Ante las quejas del cabildo, se decidió construir una lonja para tal efecto, decidiendo situarla en un solar que ocupaban las Herrerías del Rey y la Casa de la Moneda, inmediato a los reales alcázares. El 30 de octubre de 1572 se firma el asiento o capitulación para proceder a construcción. Rechazando el proyecto presentado por Maeda, se eligió finalmente al arquitecto real Juan de Herrera. A cargo de las obras estuvieron varios prestigiosos arquitectos como Juan de Minjares, Alonso de Vandelvira y Miguel de Zumárraga quienes, sobre todo este último, alteraron algunas de las ideas del proyecto original al introducir elementos innovadores en su construcción, como el abovedamiento de la planta superior, para aligerar la habitual solución herreriana de techo a dos aguas, más pesada y que presentaba un mayor riesgo de incendio. El edificio se construyó exento y sobre unas gradas para superar el desnivel del terreno, utilizando como referente para su composición la fachada del Alcazar, de ahí su divergencia respecto a la Catedral. Su planta cuadrada, mostraba en su centro un monumental patio. Los trabajos se retrasaron debido a la necesidad de ampliación de los terrenos, teniendo que adquirir para ello todo el espacio de la Casa de la Moneda (la que pudo ser demolida finalmente, cuando se encontró una nueva ubicación).

A mediados del seiscientos, la Lonja se finaliza acogiendo la práctica totalidad de las funciones para las que había sido creada. Las necesidades de la institución eran mucho menores que las posibilidades de espacio por lo que comenzó a ser utilizada por otras instituciones y fines. Tras el traslado de la Casa de Contratación y el Consulado a Cádiz, en 1717 algunas de las dependencia se comenzaron a utilizar como talleres de la Catedral, y más tarde quedó convertida en casa de vecinos. Esto, junto a los terremotos que sufrió la ciudad en el siglo XVIII degradó enormemente el edificio.

En 1781 se decide reutilizar este edificio con un nuevo cometido, ser la Sede del Archivo General de Indias, de la mano del ministro José Gálvez, quien decidió concentrar aquí toda la documentación indiana que precisaría Juan Bautista Muñoz para cumplir con el encargo del rey Carlos III de escribir la "Historia del Nuevo Mundo". Para ello el arquitecto Lucas Cintora reforma y adapta el edificio bajo unos criterios totalmente innovadores y por ello muy criticados en su época. Se reacondiciona la lonja conservando lo esencial de los valores originales del edificio.

En el siglo XX el edificio sufre diversas reformas. Se cierran los 40 arcos del patio herreriano con cristaleras transparentes y estructuradas en fundición de hierro. Se suprimen los tabiques y ventanales inscritos en las arcadas superiores que daban al patio, con lo que el trabajo de investigadores y archiveros ganaría en trabajo y luz, y en la planta baja se amplía la capacidad de depósito con estanterías de fundición asiladas del muro.

Recientemente el Ministerio de Cultura ha acometido obras de remodelación en el edificio con el propósito de modernizar sus instalaciones, mejorar el depósito de los documentos y adecuar las galerías exteriores de la planta superior para la instalación de exposiciones temporales, en lo que constituye un itinerario para visitas que recorre todo el edificio.