A mediados del siglo XIX dejó de ser monasterio. Es el segundo monasterio más grande de España después de El Escorial, acogiendo distintos usos. Además de Seminario Mayor y de alojar la Escuela de Trabajo Social y los estudios de Teología, es residencia universitaria durante el curso y hostal en verano. También acoge el Archivo Diocesano y diferentes dependencias administrativas vinculadas principalmente a la Iglesia. Entre sus usos destaca su Museo Diocesano.La Iglesia cuenta con culto en ocasiones especiales y en ceremonias privadas.