La Colegiata de Santa María de Valpuesta fue construida a partir de una ermita del año 804. Se trata de un conjunto de edificios y dependencias construidos en épocas diversas:

- Iglesia Visigótica: probablemente construida hacia el 804, visigoda, tras la llegada del obispo Juan, maestro y amigo de Alfonso II el Casto.

- Arcedianato: Suprimida la sede episcopal en 1087 Valpuesta se convierte en arcedianato, continuando con las mismas posesiones importantes. En el Becerro de Valpuesta se puede comprobar cómo el Abad Domingo, el 17 de Diciembre de 1092, le solicita al maestro Arnaldo que construya una nueva iglesia.

- Iglesia gótica: Sobre los cimientos de la vieja iglesia románica surgió la nueva iglesia gótica. Fue comenzada por iniciativa del arcediano de Valpuesta D. Juan Sánchez de Mora (fallecido en 1341).

Por su parte el Monasterio de Valpuesta fue durante casi 300 años no sólo uno de los más florecientes del Norte de España sino, además, centro regulador de otros monasterios e iglesias. Gran número de monasterios e iglesias de la cuenca del Omecillo-Ebro se sometieron a su jurisdicción.

De aquí proceden los Cartularios de Valpuesta conservados en el Archivo Histórico Nacional. Estos Libros han sido considerados por el Instituto Castellano y Leonés de la Lengua como el registro de lengua española más antiguo que existe, por lo que, en opinión de grandes paleógrafos, filólogos e investigadores de la lengua castellana, el origen del castellano se encuentra en este cartulario.

El retablo mayor es de gran calidad artística, destacando un conjunto de tallas muy expresivas con los doce apóstoles, probablemente de la primera mitad del siglo XVI (renacentistas, con influencia flamenca). Han sido atribuidas a Felipe Bigarny o a un artista de su escuela. En su interior también merecen destaque las vidrieras, obra renacentista del siglo XIV.

Fue declarada Bien de Interés Cultural en la categoría de Monumento el 26 de marzo de 1992.