Mezzosoprano y profesora de canto de origen armenio.

Nació el 24 de enero de 1874 en Tiflis. Era hermana de Arminia Babaïan, pintora, casada con Charles Carbonell, médico de origen catalán; y de Susanik Laloy-Babaïan, pianista y clavecinista, casada con el musicólogo francés Louis Laloy.

Inició sus estudios musicales en el Conservatorio de Tiflis y los amplió en Dresde, bajo la dirección del pianista Hermann Scholtz. Se centró en el aprendizaje del canto en el Conservatorio de Tiflis y después se trasladó a París. Desde allí mantuvo correspondencia con Manuel de Falla, desde 1914, al que le unió una gran amistad. Se dio a conocer como cantante en conciertos de música armenia, rusa, francesa e italiana en las principales ciudades francesas y suizas, así como en Londres. En 1907, en la Salle Pleyel de París, actuó, junto a su hermana, en un recital de canciones y danzas populares armenias, rusas, griegas y francesas. Babaïan fundó en París un curso de canto, patrocinado por grandes maestros franceses; entre sus alumnos armenios destacan Moughounian, Chah Mouradian y las cantantes Kavanoz y Berberian.

Fue apreciada por su sensibilidad extrema, sobre todo por la sensación de melancolía oriental, dulce y evocadora en sus ejecuciones vocales. Escribió una obra pedagógica sobre canto, titulada L'Enseignement du chant. Mes exercises (1936). Falleció el 17 de octubre de 1968 en París.

El Museo de Literatura y Artes Yeghishe Charents en Ereván (Armenia) conserva correspondencia de Marguerite Babaïan con el compositor armenio Komitas Vardapet y con músicos europeos como Maurice Ravel, Paul Debussy, Pauline Viardot, Éduard Lalo y Paul Dukas, entre otras conocidas figuras.