El Colegio Menor de San Basilio Magno, también llamado Convento de los Padres Basilios, se fundó en el año 1660.

La escritura fundacional del colegio en el convento de San Basilio tiene fecha de 20 de abril de 1660 y en ella se establece que se impartirá Artes y Teología. Años después, se proyectó el edificio según la traza del arquitecto José de Arredondo.

Sufrió el expolio de las tropas napoleónicas que ocuparon la villa en 1808, en el marco de la Guerra de la Independencia. Los daños causados debieron repararse a la vuelta de los frailes Basilios al edificio en el 1834.

Poco después, tras la desamortización eclesiástica de Mendizábal de 1836, fue comprado por el Estado que, en 1885, lo convirtió en la Comandancia de Ingenieros de Madrid.

Durante la Guerra Civil y después fue utilizado como Cuartel de Automovilismo y de Caballería y también como Penal militar, hasta que en 1970 sufrió un incendio, que supuso su abandono.

Finalmente, a partir de una rehabilitación en la última década del siglo XX, el edificio se ha convertido en la sede del Aula de Música de la actual Universidad de Alcalá de Henares.