La Facultad de Teología de la antigua Universidad de Alcalá contaba con tres cátedras, las cuáles estaban divididas en las tres vías, la de Santo Tomás, la de Escoto y la Nominal. La jornada lectiva estaba dividida en dos lecturas, una por la mañana y otra por la tarde. Estas clases estaban divididas en cuatro cursos, impartidas por profesores de las tres vías durante cuatro años, siendo después impartidas durante dos años por Bachilleres bíblicos y sentenciarios. Los estudios también contaban con lecciones dominicales impartidas por los estudiantes, al igual de conclusiones y disputas que tomaban parte en el Colegio de San Ildefonso.

Para conseguir el Bachillerato, los estudiantes tenían que haber obtenido el curso y el Bachillerato en Arte. Tras esto, debían estudiar Teología según las tres vías previamente mencionadas, al igual de las Sentencias y la Biblia. También debían hacer unas conclusiones teológicas, al igual que defender una tesis teológica a su elección. Para finalizar, debían realizar una lectura de Sentencias y una lectura del Antiguo y el Nuevo Testamento. Con esto, podían acceder al Bachillerato. Para acceder a la Licenciatura, debían hacer una argumentación de los actos teológicos, seguidos de cuatro actos, separados también en cuatro cursos: una expectatoria a Bachilleres, los quodlibretos de maestros y la proposita al cabildo de Alcalá y al del convento de San Francisco. También debían hacer una parva ordinaria, o una disputa pública de envergadura o sutil. Además, una magna ordinaria era requerida, que consistía en una disertación pública sobre cuestiones morales. También hacían una Alphonsina, o disertación pública de un Bachiller. En último lugar, tenían que dar un sermón latino en alguna festividad. Tras eso, podían acceder al rito para recibir la Licenciatura.