En la Época Moderna, la organización de la Armada tiene una base territorial: los departamentos marítimos. En las Ordenanzas de 1793, se determina el límite de cada uno de ellos. Así, el de Cádiz se extiende por toda la costa meridional de la península, desde la desembocadura del Guadiana hasta el Cabo de Gata y sobre las islas Canarias, la isla de Alborán y, el posteriormente denominado, Río del Oro. Tanto el personal de la Armada, esto es, los diferentes cuerpos que se van conformando (General, Ministerio..), como las brigadas de Artillería y los batallones de Infantería, además de ciertos organismos (Arsenales, Hospitales...) aparecen afectos a cada departamento.

Se configuran los diferentes órganos directivos y administrativos de los departamentos: un Capitán o comandante General, asistido desde 1772 por una Junta, para entender en todos los asuntos del Real Servicio; los Mayores Generales y sus Ayudantes; una Contaduría con un Intendente a la cabeza, aunque la de Cádiz era la principal.

Al desaparecer el Almirantazgo, en 1748, fue creada la Dirección General de la Armada. Desde ese momento, el capitán general del Departamento de Cádiz era el director general de la Armada.

En 1892 todos los servicios que habían estado a cargo de las mayorías generales, secretarías de los capitanes o comandantes generales, se refunden en una sola dependencia denominada Estado Mayor.

Ya en el siglo XX se establecerán las Bases Navales, bajo el mando militar y jurisdiccional de los comandantes generales. Así en 1940 se crea la Comandancia General de la Base de las Palmas.