La Junta Suprema de Sanidad del Reino fue la primera institución de la Sanidad española que ejerció su actuación en todo el territorio de la Corona; nacida en 1720 a instancias del rey Felipe V, dotada de amplias prerrogativas desde el punto de vista político-administrativo, revestida de un carácter racional y aglutinador, en la práctica su funcionalidad se limitó esencialmente a preservar el Reino y proteger la Salud de la Población frente a enfermedades catastróficas, adoptando medidas de carácter defensivo frente a las diversas epidemias que se irán suscitando dentro y fuera de España durante el siglo XVIII y primera mitad del siglo XIX.

El Consejo de Castilla no tenía posibilidades materiales de atender por sí mismo a todas las cuestiones sanitario-preservativas cada vez más numerosas, necesitadas de resoluciones puntuales y urgentes.

Por este motivo, con el fin de agilizar el funcionamiento del sistema profiláctico contra la peste, traída en barco desde Marsella, Felipe V crea el 2 de octubre de 1720 una Suprema Junta de Sanidad, capacitada para "ver y consultar a S.M. sobre las dependencias que ocurrieren en orden a la peste".

Para llevar a cabo sus objetivos contó con el asesoramiento de organismos que poseían una funcionalidad médico-sanitaria compuestos de facultativos médicos. Para ello, se valió fundamentalmente de tres instrumentos: el Real Protomedicato, que atendía a la regulación del ejercicio de la Medicina y formación de los médicos; el nombramiento de un agente sanitario eficaz: el Inspector de Epidemias; y la creación de comisiones y juntas ad hoc de facultativos, que estudiasen casos concretos.

Emprendió la racionalización y sistematización de la legislación sanitaria, creando una colección de normas que hasta entonces eran numerosas y dispersas, especialmente relativas a sanidad marítima. Especial seguimiento tuvieron los lazaretos asentados en puertos como Barcelona, Valencia, Málaga, Cádiz, Algeciras y Ceuta, entre otros.

En 1805 fue abolida la Junta Suprema (por Real Orden de 19 de marzo de 1805) y por Real Cédula de 25 de agosto de 1809 volvió a ponerse en marcha, hasta su supresión definitiva en 1847.

La Junta Suprema de Sanidad era un cuerpo de carácter consultivo compuesto por miembros del Consejo de Castilla, que ejercía funciones ejecutivas y directivas en materias referentes a la Salud Pública; órgano administrativo-judicial de carácter general, cuyos autos consensuados fueron considerados como leyes, y por ello organismo creador o Fuente de Derecho.

Las facultades que se conceden al nuevo organismo político-sanitario fueron amplias, y desde entonces sus miembros, de formación eminentemente jurista, no sólo se dedicarán a preservar el Reino de las epidemias de peste (o de otras enfermedades infecciosas cuya naturaleza entonces se desconocía), sino que centralizarán las cuestiones sanitarias en general.

Durante la existencia de la Junta Suprema de Sanidad asistimos a uno de los periodos más importantes en la historia político-sanitaria de España, dentro de un proceso general que termina en 1808, al calor del ambiente prebélico inmediato a la Guerra de la Independencia.

La documentación de la Junta se custodia en la Sección Consejos del Archivo Histórico Nacional (Madrid).