La Junta se establece «de jure» por Real Decreto de Felipe IV, de 21 de abril de 1652, cuando ordena a Baltasar de Sandoval y Moscoso, arzobispo de Toledo que reúna la Junta. Esta disposición viene a dar corporeidad legal a todas las actuaciones anteriores, sobre todo, a las llevadas a cabo durante el reinado de Felipe III en defensa de la Concepción Inmaculada de la Madre de Dios. Actuaciones que se venían ejerciendo por las reuniones de teólogos, nombrados «ex professo» para ello, y que alcanzaron su máxima dedicación en el análisis y condena de las declaraciones lanzadas por los dominicos desde las cátedras en las que aleccionaban a los fieles: los púlpitos.

Los orígenes de la polémica concepcionista surgen en 1613 en Sevilla cuando un predicador dominico se permitió hablar desde el púlpito de su convento en contra de la «opinión piadosa», título dado a la doctrina inmaculista desde el Concilio de Basilea. Así mismo en el sermón predicado el 8 de diciembre de 1614 en la iglesia mayor de Córdoba por el dominico fray Cristóbal de Torres, este se pronuncia de manera abierta contra la inmunidad de culpa original en la concepción de María. Las palabras del confesor del prelado de la diócesis fray Diego de Mardones causan un verdadero escándalo y provocan la oposición inmediata del canónigo lectoral Álvaro Pizaño de Palacios.

El escándalo que estos sermones provocaron en el pueblo fue inmenso y los dos años siguientes constituyeron un periodo de actos en desagravio de la Virgen María. A la cabeza de los defensores estaban los franciscanos y los jesuitas. La consecuencia más inmediata a todos estos desmanes fue que los ecos llegan a la Corte e impulsan al monarca Felipe III a constituir la Real Junta de la Inmaculada Concepción y a pedir el reconocimiento del misterio mariano a la Santa Sede. Este enorme movimiento mariano, único en la historia de los dogmas, se va a incrementar durante los siglos XVII y XVIII con el claro apoyo de los Reyes de España.

A partir de 1779 se integra la Junta en la Real Orden de Carlos III.

La documentación de la Junta de la Inmaculada Concepción se custodia en el Archivo Histórico Nacional (Madrid).