El monasterio de Sant Esteve de Banyoles es de origen muy antiguo y uno de los que adquirió mayor relevancia en Cataluña con el tiempo. Su fundación hay que situarla alrededor del año 812 y su primer abad fue Bonitus o Bonit, según se desprende de un diploma emitido el año 822 por el rey franco Luis el Piadoso, donde también le otorgaba inmunidad.

Pronto fue ganando importancia y entre otras posesiones, dependía deél el entonces pequeño monasterio de Sant Pere de Rodes (hacia el 870) lo que provocó disputas con Saint Polycarpe de Rasès, en el Languedoc.

Los bienes, derechos y propiedades que el monasterio acumuló gracias sobre todo a las donaciones eran muchos y se distribuían por las comarcas cercanas a Banyoles, básicamente en el condado de Besalú, pero también en lugares más alejados, como lo demuestra una bula del papa Benedicto VIII (del año 1017) donde se confirmaban muchas de aquellas posesiones. Además, ejerció el señorío, con jurisdicción civil y criminal sobre la villa de Banyoles.

En 942 el monasterio fue destruido completamente debido a una invasión y eso obligó a su reconstrucción, consta que la nueva iglesia, esta vez construida con bóveda de piedra, se consagró el 957. En 977 Banyoles participó también en la fundación del monasterio de Sant Pere de Besalú. En 1078 el conde Bernat II de Besalú lo sujetó a San Víctor de Marsella, de hecho se trataba de una donación a aquella abadía de la Provenza que fue confirmada posteriormente por las autoridades eclesiásticas. Sin embargo, se piensa que esta dependencia de Marsella fue más bien nominal, excepto los primeros años.

Gracias al apoyo de los condes de Cerdanya, desde Sant Esteve se establecieron los prioratos de Santa Maria de Finestres (Garrotxa), Sant Marçal de Montseny (Barcelona), Sant Nicolau de Calabuig (Girona), Sant Genís de Esprac (Girona) y Sant Julià del Mont (Garrotxa). Durante el primer cuarto del siglo XIII dejó de depender de San Víctor y hacia el 1227 se integró en la Congregación Claustral Tarraconense.

Los edificios monásticos resultaron dañados a raíz de los terremotos que sufrió Banyoles en los años 1427 y 1428. A principios del siglo XVI, el establecimiento monástico estuvo regido por abades comendatarios que no eran elegidos por la comunidad, el cargo se había convertido en una prebenda que iba a manos de personajes ajenos a la casa. A mediados del mismo siglo los abades llegaban al cargo por designación real.

Los últimos monjes benedictinos del monasterio fueron exclaustrados definitivamente a raíz de la desamortización de 1835.