El monasterio fue fundado en el año 1265 por Teresa Gil de Vidaure, tercera esposa del rey Jaime I.

Estaba construido en unos terrenos que habían pertenecido a un rey musulmán llamado Abú Zayd. Tras recuperar la ciudad de Valencia fueron donados al arzobispo de Narbona, confesor del rey, pero finalmente este decide recuperarlos para hacer la donación a su esposa.

Teresa Gil de Valdaure entrega la magnífica finca que incluye baños y jardines a una comunidad de monjas cistercienses. El acta de fundación es de 1265 y el año siguiente ya habían comenzado las obras.

La propia fundadora elige la advocación de Santa María de Gratia Dei, a la que se añade la condición de Real Monasterio por ser considerada fundación real, y establece como condición que únicamente ingresaran en la casa las damas nobles que quisieran profesar y vestir hábitos.

Desde su origen y a lo largo de su historia el monasterio recibiría privilegios, limosnas y donaciones hechas por reyes como Jaime II, Alfonso el Magnánimo, Felipe II, Felipe III o Fernando VII.

Los Reyes Católicos pernoctarían en la casa durante una visita a la ciudad de Valencia y Felipe V les haría el reconocimiento para que fueran tratadas como "ilustrísimas señoras" como agadecimiento por su fidelidad a la causa borbónica durante la Guerra de Sucesión Española.

Al comenzar el siglo XIX comenzarían a sucederse diferentes acontecimientos que afectaron muy negativamente al monasterio.

En 1809, durante la Guerra de Independencia contra los franceses el monasterio fue destruido por las propias tropas españolas. El edificio corría el riesgo de convertirse en refugio en el que los franceses pudieran hacerse fuertes por lo que el general José Caro ordenó su demolición.

Acabada la guerra las monjas arriendan una casa tras haber peregrinado por diversos conventos de la ciudad. Realizan obras de acondiconamiento para poder instalarse y recuperarse de la pérdida del monasterio. Durante todo el tiempo en el que fueron acogidas por otras comunidades de religiosas mantuvieron la custodia de los restos de la fundadora y de sus hijos que trasladan a la nueva ubicación.

En cualquier caso, ya en 1816 comienzan a construir un nuevo convento que se termina en 1827.

Poco tiempo después sufren un nuevo revés con la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal. Perderían su patrimonio incluido su archivo que pasa al Archivo del Reino pero al menos logran recuperar el antiguo solar totalmente derruido sobre el que proyectan la edificación de un nuevo convento más modesto.

Se construirá entre 1876 y 1879 y se hará gracias a las donaciones en trabajo de las distintas personas que llevan a cabo la reconstrucción, desde aquitectos a albañiles pasando por pintores, carpinteros o escultores.

Pasados estos años llega la Guerra Civil. El convento es asaltado y de nuevo las monjas se ven obligadas a abandonar la casa. Al acabar el conflicto regresan a un edificio que no ha sido destruido pero que ha sufrido importantes daños. Resisten así hasta 1957 cuando una riada asola la ciudad de Valencia y hace del convento un lugar imposible de habitar.

En 1962 se decide la demolición del convento. Sería ya de forma definitiva ya que en la zona se ha comenzado a planificar la construcción de viviendas y el desarrollo de un nuevo barrio. Las monjas aprovechan para vender la propiedad del terreno y con lo obtenido se trasladan a la población de Benaguacil donde encargan la construcción de un convento adaptado a las nuevas necesidades de la comunidad.

Es en esta ubicación donde han residido desde 1965 hasta la actualidad. Se mantienen gracias a una hospedería que regentan en la que además del alojamiento ofrecen campamentos infantiles.

Aún custodian los restos mortales de Teresa Gil de Vidaure, sus dos hijos y la esposa de uno de ellos.