El origen del monasterio data de 1330 cuando Diego Martínez de la Cámara y su esposa fundaron la ermita de San Bartolomé que entregaron a Pedro Ramírez Pecha unos años después.Levantan entonces una pequeña comunidad de nobles que habían iniciado una vida eremética. Se le concedieron las capellanías de la ermita y, a partir de esa concesión en 1370, se comienza a crear el monasterio como edificación con la construcción de pequñas celdillas para los monjes. Entre estos destacarían el propio Pedro Ramírez Pecha, su hermano Alonso Pecha y Fernando Yañez de Figueroa considerados los fundadores de la orden jerónima.

Uno de sus miembros defendió ante el papa Gregorio XI en la ciudad de Avignon la necesidad de crear una nueva regla. El papa les permitió vivir en comunidad bajo la advocación de San Jerónimo aunque les dió como norma la regla de San Agustín. Aún así se les denominaba jerónimos y les dió Bula el día de San Lucas de 1373, fecha considerada el inicio oficial de la orden.

Pedro Ramírez Pecha pasó a ser fray Pedro de Guadalajara, primer prior del monasterio de San Bartolomé de Lupiana.

Desde el principio contaron con gran ayuda económica por parte de la familia de los hermanos Pecha, así como por parte de los Mendoza, titulares del Marquesado de Santillana.

Según adquirían fama, fueron ganándose, además, los favores reales. Juan I inauguró el monasterio y desde entonces recibieron apoyos de Juan II, Enrique IV y los Reyes Católicos hasta Felipe II quien, en en 1569, aceptó el patronato de la Capilla mayor que los jerónimos le ofrecieron, correspondiéndoles con la entrega al monasterio de la jurisdicción completa de la aldea de Lupiana y todo su término.

En el siglo XVI se dio la mayor riqueza e influencia del monasterio. Felipe II les concede el señorío que les capacitaba para nombrar alcade mayor, alguacil, escribano, regidores y cuadrilleros. También en el siglo XVI, en la segunda mitad, se remodela el templo de Lupiana. Francisco de Mora trazaría la nueva Sala Capitular. En ella se reunían cada tres años en los Capítulos Generales , órgano decisorio y de gestión de los asuntos de la orden.

Durante la invasión francesa Lupiana apenas se vio afectado pero en 1835 sufre el cierre por la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal.

El monasterio destacó por su farmacia, en la que se fabricaban medicinas muy apreciadas y que les reportaban grandes beneficios. Y sobre todo se hizo famoso por la escuela de música. Era de estudio obligado y sus monjes debían componer e interpretar obras de grandes músicos que entraban a la península por el monasterio.

Desde su cierre, sus riquezas fueron repartidas por diferentes instituciones religiosas de la provincia de Guadalajara o cayeron en manos privadas que desmantelaron el patrimonio del monasterio.

El edificio en conjunto fue adquirido por la familia Páez Xaramillo de donde pasó por lazos de matrimonio a los marqueses de Barzanallana, que aún hoy lo poseen.

El 3 de junio de 1931 sería declarado Monumeto Nacional.