El matrimonio formado por Alonso de Ojeda y María Rodríguez, naturales de Casarrubios del Monte, tuvo que desplazarse a la ciudad de Valladolid para resolver un pleito. Durante su estancia allí conocen el Monasterio de San Joaquín y Santa Ana.

Al no tener descendencia decidieron donar su patrimonio para la fundación de otro monasterio en su pueblo. Gracias a un monje cisterciense, Francisco de Vivar, reciben consejo sobre cómo hacer la fundación y para decidir qué monja debía ser la que dirigiera el monasterio tras su fundación.

Eligen a la Madre María Evangelista, religiosa de San Joaquín y Santa Ana. Tras recibir la aprobación de la casa de Valladalid y de Santa María de las Huelgas de Burgos, de quien esta dependía, inician las obras para levantar el nuevo monasterio.

Entretanto el matrimonio fundador había perdido el pleito pendiente lo que redujo notablemente la aportación económica para su construcción y supuso grandes problemas para sacar adelante el proyecto. En cualquier caso, finalmente se establece la nueva clausura el 27 de noviembre de 1634.

Poco después ya habitaba el nuevo monasterio una comunidad numerosa.

Dos siglos después, a partir de 1850, el monasterio de Casarrubios aumentaría de nuevo su comunidad al recibir a las religiosas que llegaron desde Villa de Consuegra. Esta casa había acogiendo a otras de la misma orden que se habían visto afectadas por la desamortización de Mendizabal. Así, se instalan en Casarrubios las comunidades de Villa de Consuegra y de Villarrobledo. En 1880 también se unen a ellas otras cuatro religiosas procedentes del Monasterio de la Piedad De Madrid.

Estas circunstancias ayudan al monasterio a recuperar un auge que estaban perdiendo. Gracias a esto y a los trabajos que realiza la comunidad de religiosas, tanto confeccionando prendas textiles como en la elaboración y venta de dulces además de la hospedería que mantienen dentro del propio edificio, el monasterio ha podido hacer frente a las diferentes reformas que ha requerido la casa (en 1950 se reconstruye la parte de la residencia de las monjas y en 1964 se restaura de nuevo todo el conjunto) así como a las circunstancias de las diferentes épocas por las que ha pasado la comunidad.

En la actualidad, aparte de sus trabajos, las religiosas cistercienses, hasta veinte, se ocupan del mantenimiento del edificio según las necesidades que van surgiendo.