Como fundador del Colegio de Monte Sión es recordado Don Raimundo de Verí y Despuig, Baylío o Comendador de la Orden de San Juan de Malta en Mallorca. Este caballero recibió la carta patente de fundador, firmada por el entonces P. General de la Compañía de Jesús, Claudio Aquaviva. Se realizó en un acto solemne el 21 de Noviembre de 1597, fiesta del titular del Colegio y de la Iglesia, la Presentación de Nuestra Señora. Murió dos años después de recibir la carta patente del General de los Jesuítas, el 21 de Julio de 1599. En su último testamento él había pedido que su cuerpo fuera sepultado en la iglesia de Monte Sión. Y así se hizo. Su magnífico y suntuoso sepulcro tal como puede admirarse ahora fue terminado el año 1633, como explica la inscripción. En origen, el Colegio no tenía local propio. Tuvo que recurrir a uno prestado, el "Estudi General". Pero muy pronto con la ayuda del fundador y de otros bienhechores se fueron adquiriendo las casas que rodeaban la primitiva capilla de Monte Sión, y se fue construyendo el germen del colegio, en 1561, que es la parte más antigua del actual edificio, ahora, reformado y modernizado. Así mientras se iba construyendo la nueva iglesia, fueron creciendo las dependencias dedicadas a la enseñanza. También fue creciendo el número de los jesuitas de la Comunidad Mallorquina. En algún momento llegando a superar la cifra de cuarenta, como ocurrió en el año 1611. El retablo que dio su nombre a la iglesia y que recibieron los primeros jesuitas, "Presentación de Nuestra Señora", después de una larga y variada peregrinación, según los avatares de la historia, se encuentra, en la actualidad, en la llamada "Capilla de las Reliquias". Los jesuitas de Palma participaron en todas las actividades apostólicas, misionales, predicación, fundando congregaciones muy florecientes y queridas por todo el pueblo, además del trabajo típicamente educador. El desarrollo del colegio fue fructífero, tanto que la abundancia de recursos, recibiendo donaciones y heredades, les permitió abrir otros dos colegios en la Isla: el Colegio de San Martín, en 1630, que pasó a manos de los padres Taetinos en 1767 y el Colegio de Montesino de Pollensa , en 1686, también en manos de los Taetinos tras la expulsión de los jesuitas. El colegio que nos ocupa cesaría su actividad con motivo de la Pragmática expulsión promulgada por CarlosIII, pero la readmisión de la Orden en España, favoreció que el 6 de Junio del año 1816 los edificios del Colegio fueran devueltos a los Jesuítas en acto solemne. Recibió las llaves, ante numeroso público, el Rector de la nueva etapa del Colegio, el P.Francisco Company. Un mes después, el 5 de Julio de 1816, se instalaron ya en el Colegio los PP. Baltasar Masdeu y Diego Martínez, que habían llegado recientemente de la Península. En esta nueva etapa el Colegio de Monte Sión experimentó serias dificultades económicas y escasez de personal jesuítico. Recurriendo a sacerdotes seculares. Así hasta el año 1820. El 1 de Enero de 1820 los nueve Jesuítas del Colegio de Monte Sión, juntamente con todos los de otras ciudades de España, debieron abandonar sus trabajos, a causa del proceso político español. Tres años después, los jesuítas pudieron regresar a sus destinos, porque Fernando VII de nuevo les devolvía la libertad de acción, el día 1 de Octubre de 1823. Se mantuvo la normalidad por diez años. El Colegio funcionaba. La Comunidad llegó a estar formada por quince religiosos. La Iglesia también contó con abundantes feligreses. Así hasta el año 1835, una vez más las autoridades del Estado Español decretaban la expulsión de los Jesuítas. La noticia llegó a Palma el día 16 de Julio del mismo año. El 21 del mismo mes y año fue el último día de clases. Debido a las distintas expulsiones y acontecimientos políticos del país, los jesuitas volvieron en grupos reducidos a Palma, en momentos de Paz y permisión para la Orden, pero se alojarían en casas diseminadas por la ciudad. No sería hasta el día 6 de Junio de 1919, cuando pudieron regresar al antiguo Colegio de Monte Sión. En 1931, la Constitución Republicana expulsaba a los Jesuítas de España, en un artículo que se hizo famoso, el número 26. La Constitución Republicana se promulgó con su publicación en la "Gaceta de Madrid" el día 10 de Diciembre de 1931. Durante la Guerra Civil (1936-1939) Mallorca estuvo en poder de los "Nacionales" y todavía duraba la Guerra, cuando el colegio de Monte Sión y su Iglesia fueron devueltos a la Compañía de Jesús. El Gobernador Civil de Baleares así se lo comunicó a los dispersos padres y hermanos, el día 29 de Octubre de 1936. Las clases se reanudaron el 10 de Octubre de 1938. Fueron unos 120 los primeros alumnos. Y tres los Cursos de Bachillerato que se pusieron en marcha. Su primer Prefecto de Estudios fue el P. Magín Negra, un hombre nacido en Barcelona en 1891, muy emprendedor, que supo realizar su misión de restaurar el colectivo de educación jesuítica, después de tantos años de su desaparición. Había comenzado una nueva y larga etapa del Colegio de Monte Sión y de su Iglesia. El Colegio se fue ampliando en su lugar histórico pues, se construyeron nuevas partes de un edifico especialmente dedicado a aulas y salas de reunión, hasta cuatro pisos. Pero el crecimiento del Colegio de Monte Sión fue tal que tuvo que salir de sus propios locales tradicionales, y se crearon varios pabellones y campos de Deportes en Son Moix, muy cerca de Son Rapinya. Fueron bendecidos e inaugurados el 13 de Marzo de 1968, por el entonces Rector del Colegio, P. Narciso Anglada.

La construcción de nuevos edificios sigue adelante allí, para acomodarse a los nuevos tiempos y nuevas normas educativas. Se ha construido un magnífico "Polideportivo San Pedro Claver", terminado en 1996.

El Colegio ahora es mixto, y han ido tomando en él y en sus estructuras, cada curso más importancia los laicos, profesores y profesoras, que también ocupan puestos directivos. El número de alumnos en 1996 fue de 1.424. Los Profesores Jesuítas fueron 7, y los Laicos (hombres y mujeres) han sido 47.

En los antiguos locales de Monte Sión funcionan también ahora las llamadas "Aulas de la Tercera Edad". Y la Compañía de Jesús ha tomado a su cargo la "Parroquia de San Juan de Avila" situada en el Polígono de Levante.