Como era tradicional entre los Colegios de la Compañía en tierras vascas, estos eran fundados o patrocinados por familias indianas. El colegio de San Francisco de Borja de Oñate, sigue esta tradición. Pero no sería el primer colegio jesuita establecido en la ciudad guipuzcoana. Ya a finales del S.XVI, la familia Araoz y Lazárraga, oriunda de Oñate, había costeado la creación de un colegio de la Compañía de Jesús, con la fortuna hecha en el Perú, aunque este tuvo una corta vida. Los recursos de fundación de los que se dotó, en 1510, eran escasos y las casas en las que se estableció en 1551 contaban con cargas, lo que provocó que la Orden en Vitoria decidiese su traslado, más conveniente, a la vecina ciudad de Vergara. Esto supuso un duro golpe para la familia Araoz y Lazárraga que veían como su nombre y honor decaía entre sus vecinos. Para ello, años más tarde otro miembro de la familia, esta vez, Martín de Araoz, soltero y piadoso afincado en Sevilla y con negocios en el Perú, testaría el 27 de marzo de 1634, a favor de la Compañía, justo antes de embarcarse al Perú. En su testamento dejaba todas sus posesiones para, limpieza de sus deudas y el resto para su sobrino Juan de Araoz y Lazárraga y la construcción de un colegio de la Compañía en Oñate. En septiembre de ese mismo año, fallecería por enfermedad. Sería su sobrino Juan el encargado de cumplir su voluntad. No sin dificultades pues los recursos donados para el Colegio, entonces en manos de la llamada Caja de difuntos y controlados por los oidores del Consejo de Castilla, fueron sustraídos por uno de los responsables, lo que llevó a Juan de Araoz y a la Compañía a pleitear hasta recuperarlos. Sería en 1634, cuando se aplicarían 20.000 ducados y numerosas piezas de culto en oro y plata, para abrir el colegio, bajo la advocación de San Francisco de Borja. La villa de Oñate colaboró en todo momento, comprometiéndose a la apertura de una escuela de primeras letras que comenzaría a construirse en 1544. No se encuentran más datos de la actividad de este colegio hasta 1767, momento en el que cesa su actividad, con motivo de la Pragmática sanción promulgada por Carlos III (1759-1788).