Desde mediados del siglo XVI fueron varios los intentos para fundar un Colegio de primeras letras con estudios de educación secundaria en Villafranca del Bierzo, pero no fue hasta principios del siguiente siglo cuando llegaron las donaciones necesarias para sufragar el centro jesuita.

La primera dotación fue de Don Pedro Álvarez de Toledo, marqués de Villafranca, que donó 30.000 ducados en 1601, aunque parece que no fue suficiente. Hubo que esperar a la realizada en 1613, por Don Gabriel de Robles, que dejaba en su testamento 1.800 ducados anuales durante al menos diez años para poder erigir el Colegio de Jesuitas en esta villa leonesa.

Las obras del centro no se iniciaron hasta 1620. Con doble finalidad como centro docente y religioso, además de las primeras letras, se impartían en él geografía, historia, matemáticas, retórica, filosofía y latín.

La Iglesia se empezó a edificar a mediados del siglo XVII y las obras se prolongaron hasta el siglo siguiente. Con planta de cruz latina, la nave queda configurada en varios tramos. La fachada, dividida en dos cuerpos separados por una cornisa, quedaba rematada con un frontón que incluía el escudo de la Compañía de Jesús.

En el año 1767 los jesuitas son expulsados del país por Carlos III y aunque el colegio se sigue utilizando para actividades educativas ya no sería bajo la dirección de los padres jesuitas. La Iglesia pasa a acoger la parroquia local de San Nicolás que había sido devastada tras un incendio.