La Compañía de Jesús llega a San Martín de Sacosta en 1581, un centro que había estado ocupado anteriormente por canónigos de San Agustín. La entrada de los jesuitas está documentada en un manuscrito fechado el 9 de noviembre que se encuentra custodiado en el Archivo Histórico de Gerona.

El Papa Gregorio XIII accede a aplicar las rentas del suprimido monasterio al futuro colegio jesuita, que comenzó a funcionar como tal en 1585. El Padre Superior Pedro Doménech será el encargado de la fundación convirtiéndose, además, en su primer rector, entre 1581 y 1584.

Por las aulas del colegio de San Martín pasaron los hijos de los regidores y de las mejores familias del corregimiento siendo, durante sus dos siglos de historia, el centro que instruyó a las elites de la ciudad de Girona.

Siguiendo el modelo educacional propio de la Compañía -Ratio Studiorum-, en sus aulas o en espacios públicos se celebraban debates e intervenciones sobre temas culturales y académicos. El último acto estos actos se llevo a cabo durante los días 23 y 24 de julio de 1766. Un año más tarde, como en el resto de centros jesuitas, los religiosos tuvieron que desalojar el colegio y abandonar España con destino a Italia.

En el momento de la expulsión el colegio de San Martín contaba con un maestro de teología, otro de filosofía, cuatro de humanidades y gramática y uno más de primeras letras.

El obispado y el ayuntamiento de Girona intentaron suplir el hueco dejado por el colegio de San Martín en el ámbito educativo local, lo que propició un grave enfrentamiento entre ambas instituciones. El edificio acabó convirtiéndose en un seminario, más tarde se usó como cárcel y cuartel y, a día de hoy, una parte de las instalaciones está en manos de la Universidad.

Fundado el 9 de noviembre de 1581, con la supresión del Monasterio de Canónigos Regulares de San Agustín, por el padre Pere Domenech.

El colegio se mantiene abierto hasta 1767, cuando pasa a ser Seminario Diocesano.

Anteriormente, la iglesia de Sant Martí ya existía desde 898. En la segunda mitad del siglo XI se reedificó de nuevo. Tras pasar por varias manos, en 1152 fue cedida al abad de Sant Joan de les Abadesses, en ese momento ocupado por canónigos de San Agustín, para que fundara una comunidad, lo que no tuvo lugar hasta el 1164 con la creación de una canónica agustiniana masculina regida por Arnau de Montbós, antiguo canónigo de Lledó. un sigle después pasó a estar dirigida por abades comendatarios, siendo disuelta en 1581.