La comunidad jesuita llega a Bergara a finales del siglo XVI por el traslado del colegio que tenía la Compañía en Oñate. En un primer momento se pensó hacer el traslado a Vitoria, gracias a las donaciones de la genovesa doña Magdalena de Centurión que donó a la Compañía 1800 ducados de renta, pero la negativa de las autoridades vitorianas para acoger una nueva comunidad religiosa acabó desplazando a los jesuitas a Bergara. La fundación se llevó a cabo en 1593, en unas casas arrendadas en la antigua calle del Arrabal, desde donde los jesuitas fueron ampliando el resto de edificaciones. La primera iglesia con que contó el colegio de jesuitas comenzó a edificarse en julio de 1597, en un solar donado a la Compañía frente a las Casas del Concejo. De una sola nave, en el interior se albergaron algunas de las imágenes y pinturas trasladadas de Oñate. El colegio inicial también fue sustituido pronto por otro de mayores dimensiones, las obras se iniciaron en marzo de 1604 y concluyeron alrededor de 1630. Con el templo ocurrió algo parecido, la antigua edificación pronto se quedó pequeña y en ese mismo periodo se inició la nueva construcción, en 1628, bajo la dirección del maestro de Azkoitia Juan Martínez de Aguirre. La restauración de la fachada del colegio fue la siguiente obra que se puso en marcha y con ella se daba por terminado el conjunto de construcciones barrocas que conformaban el colegio de la Compañía de Jesús. En la actualidad el espacio se encuentra muy modificado debido a las transformaciones sufridas posteriormente. Los jesuitas estuvieron en Bergara hasta 1767 cuando fueron expulsados por el Real Decreto de 27 febrero y la Pragmática Sanción del 2 abril del año 1767 decretados por Carlos III cuando el colegio contaba con dos maestros de gramática y uno de primeras letras. El edifico mantuvo su función de enseñanza ya que en él se instaló la recién creada Sociedad Bascongada de Amigos del País, al solicitar al Rey el Colegio que los jesuitas poseían en la villa.