Aristócrata y encomendero español, probablemente nacido en el virreinato de Nueva España. Hijo de Nuño de Chaves Pacheco de Córdoba y Bocanegra y Marina Vázquez de Coronado. Casado en primeras nupcias con Catalina de Castilla y Chávez-Pacheco. Padres de: Isabel de Castilla y Luján y Doña Catalina de Castilla y Sosa. Contrajo segundas nupcias con Juan Colón de Toledo y de la Cueva. Padres de: Carlos Pacheco de Córdova y Bocanegra Colón de la Cueva, II marqués de Villamayor de la Ibernias; Nuño de Chávez Córdova y Bocanegra; Francisco Pacheco de Córdova y Bocanegra Colón de la Cueva, y Diego Antonio de Córdova y Bocanegra.

Poseedor un mayorazgo fundado por su abuelo, fue un rico encomendero y rentista, patrono del convento del convento de Santo Domingo de México. Desempeñó diversos cargos en el virreinato, como gobernador, corregidor y alcalde mayor de la provincia de Tepeaca (18 abril 1595), juez visitador del valle de Otumba, de la Mixteca y de Tepejí, de las congregaciones de la Nueva España y de la ciudad de Oaxaca. Fue alcalde mayor y justicia mayor de las minas de Zacualpa, corregidor de Ixtapan, Tonatico, Huatinchan y Jojuthla y teniente de capitán general del virrey.

En 1605 fue nombrado corregidor de Puebla de los Ángeles. En 1607 emprendió un pleito por los derechos de su segunda mujer al ducado de Veragua, pasando a España y asistiendo asiduamente a la corte de Felipe III. En 1609 obtuvo el hábito de la orden de Santiago. En 1610 fue nombrado adelantado del reino de Nueva Galicia. En 1615 formaliza la fundación de un nuevo mayorazgo sobre el señorío de Villamayor de las Iviernas, sobre el que obtiene el título de marqués de Villamayor de la Ibernias en 1616. Falleció al año siguiente, al poco de volver a Nueva España.