El 20 de marzo de 1350 Pedro IV, rey de Aragón, fundó en Perpignan, capital del reino de Mallorca, a instancias de los cónsules de Perpignan y del obispo de Elna, un Estudio General con facultades de derecho romano y canónico, teología y artes liberales, y con los mismos privilegios que tenía el de Lérida. Sin embargo. no parece que la fundación se hiciera efectiva, y hubo que esperar al 28 de noviembre de 1379 para que el papa Clemente VII confirmase su erección, al tiempo que le concedía el título de Studium universale y trocaba el estudio de la teología por el de la medicina. Al año siguiente se adquirieron unas casas en el barrio de Saint-Mathieu que sirvieron de aulas y alojamiento para profesores y alumnos, y en 1388-89 se la dotó de estatutos, por los cuales se garantizó que gozase de los mismo privilegios y libertades que las de Lérida y Toulouse. En 1447 el pontífice Nicolás V volvió a introducir la facultad de teología.

A la cabeza de la Universidad estaba el rector, que era elegido anualmente y estaba asistido por un consejo de doce miembros; junto a él se encuentra el canciller, designado por el rey con carácter vitalicio, que nombra a los maestros responsables de la enseñanza, y un bedel, nombrado por el rector, que actúa como censor de los estudios. A finales del siglo XIV se sabe que contaba con 380 estudiantes.

A lo largo del siglo XVII la Universidad de Perpignan experimentó un proceso de decadencia. En 1614 la Compañía de Jesús abría un colegio que competiría durante más de un siglo con la universidad por la enseñanza de la filosofía y la teología, y la guerra franco-española (1635-1659) que acabaría con la Paz de los Pirineos, por el que Perpignan volvió a dominio francés junto con el resto de territorios catalanes situados al norte de los Pirineos, dejó el Rosellón en una precaria situación socioeconómica poco favorable para los estudios y a la propia universidad con muy limitados recursos y edificios en estado precario. A comienzos del XVIII estudiantes y profesores se trasladaban de una alojamiento a otro y la facultad de medicina tuvo que ser temporalmente suprimida por falta de monetario.

El 31 de marzo de 1759 Luis XV emprende una reforma de la universidad, dotándola con importantes rentas, y entre 1760 y 1763, gracias a la labor del mariscal Augustin-Joseph de Mailly (1707-1794), que había sido nombrado comandante en jefe del Rosellón, se renovaron todos sus edificios, diseñados por el ingeniero François de Lescure. El propio de Mailly donó cerca de un millar de libros de su biblioteca personal. En 1759, junto con un jardín botánico, se habían implantado estudios de botánica, más tarde gabinetes de física y anatomía y, a partir de 1786, una cátedra de química.

En 1793 la Convención Nacional suprimió la universidad y su edificio pasó a ser utilizado como escuela central, biblioteca municipal, Academia y Museo de Bellas Artes y, entre 1981 y 2016, sede de los archivos municipales. En 2017 reabrió sus puertas como Campus Mailly-Facultad de Derecho de la Universidad de Perpignan Via Domitia.