Sus antecedentes se encuentran en la ley del 23 de setiembre de 1939, en la cual el gobierno a través del Ministerio de Gobernación establece un plan general para la reconstrucción nacional según la magnitud y la importancia de la destrucción, consecuencia de la Guerra Civil. El Estado se encargaría del restablecimiento de los servicios públicos (Provincias y Municipios) y la Iglesia de la reconstrucción de los templos parroquiales.

La ley del 10 de marzo de 1941 extiende los beneficios de la ley anterior a templos de otras localidades con menor destrucción, se reconstruirían templos total o parcialmente destruidos. En su artículo 7º se señala que puede constituirse una Junta Nacional y las Juntas Diocesanas para la ordenación, recaudación y administración de fondos destinados a cumplir los objetivos antes citados. El Ministerio de Gobernación sería el encargado de ejecutar tales disposiciones. Con la ley del 25 de junio de 1941, el Ministerio de Gobernación estipula la creación de la Junta Nacional (con sede en la capital), encargada de la reconstrucción de los templos parroquiales, dotada de la personalidad jurídica correspondiente para desempeñar las funciones encomendadas. La Junta estaría constituida por un Presidente, cuyo cargo recaería sobre el Subsecretario de Gobernación, Vocales, el Obispo de Madrid-Alcalá y los Directores Generales de Asuntos Eclesiásticos, Propiedades y Regiones Devastadas y el Secretario, quien sería un arquitecto.

Con la creación del Ministerio de la Vivienda en 1957, por la ley del 25 de febrero de 1957, diversas instituciones relacionadas con la vivienda y el urbanismo se adscriben al nuevo ministerio como la Dirección General de Regiones Devastadas y Reparaciones y la Junta de Reconstrucción de Templos Parroquiales. Posteriormente se dieron varias órdenes o decretos orientados a la composición de la Junta Nacional de Reconstrucción de Templos. La ley del 15 de noviembre de 1957 estableció que la Junta estaría constituida por un Presidente que será el Subsecretario de Vivienda, un representante del Ministerio de Justicia, un representante del Ministerio de Hacienda, el Director General de Arquitectura y el Secretario que sería designado por el Presidente de la Junta.

En 1979, alcanzados los objetivos que dieron lugar a la creación de dicho órgano y establecida una nueva regulación de las relaciones económicas entre la Iglesia Católica y el Estado, se consideró cumplida la misión encomendada a la Junta de Reconstrucción de Templos y se procedió a su supresión por Real Decreto 1326/1979 de 10 de mayo de 1979, artículo único.