El convento de San Miguel de Cuevas de Cañart constituye el primer establecimiento de la orden de los servitas en España. En 1488, el capítulo general de la orden envía a Gerolamo Fusco como vicario general para instaurar la orden en tierras españolas y portuguesas.

En un principio la Orden de los Siervos de María se establece en 1497 en una cueva de Ladruñán, en las proximidades de Cuevas de Cañart. Este primer convento, vinculado con la ermita-cueva dedicada a San Miguel, tuvo que abandonarse a causa de la peste. Se fundó un nuevo convento en la misma cueva a principios del siglo XVII, en 1617 a petición del arzobispo de Zaragoza.

El traslado a Las Cuevas de la orden servita se produce en 1727: el padre Faci precisa que los Padres se desplazaron a su nuevo convento, fundando cerca de la villa, el 10 de Mayo del susodicho año. Es este el momento en el cual llega a fundarse el convento definitivo.

Este convento será afectado por la Desamortización de Mendizábal de 1836, el proceso de exclaustración derivado de ella y las guerras carlistas. San Miguel quedó vacío y abandonado, iniciándose el lento proceso de deterioro y de ruina que le ha llevado a su estado actual.

En de 1840 las tropas de Espartero lo destruyen a su paso tras la toma del castillo de Castellote, para evitar que sirva de refugio a los carlistas y en las décadas posteriores fue fruto del expolio continuado.

Pascual Madoz, en su Diccionario (1845-1850), indica que varias de las obras que contuvo su templo fueron trasladadas a Montalbán, Castellote y Calanda.