La fundación de Santa María de Acibeiro se produce el 2 de febrero de 1135 a iniciativa de Alfonso VII, siendo la primera constancia documental de este monasterio se da un bula de 1154. Doce monjes benedictinos fueron los que tomaron posesión del monasterio. Años más tarde, el monasterio se unió la orden del císter, aunque no queda muy clara la fecha entre los historiadores, hablándose de los años 1170 o del 1225.

Durante la baja edad media el monasterio atravesó un período de decadencia muy agudo, debido a la política de los abades comendatarios. Éstos eran impuestos y muchas veces les movía un interés puramente material, ya que pasaban a administrar la economía y ganancias del monasterio. La solución vino dado por el ingreso en la reforma observante cisterciense, esto se produjo en 1518 cuando el monasterio se unió a la Congregación de Castilla, pasando a tener un régimen de abades trienales.

En 1649 un incendio arrasó la biblioteca y los archivos, no obstante en el s.XVIII el monasterio tendría un repunte cultural con la creación de un Colegio de Teología y Moral en el año 1761, llegando a tener en 1787, dos maestros y nueve colegiales. No fue un monasterio en el que habitasen numerosos monjes, de hecho en el s. XVI no llegaban a diez los religiosos, produciéndose un aumento a lo largo del s.XVIII, llegando a tener 18 monjes en 1787.

En el s. XIX comenzó la decadencia del monasterio, fue saqueado por las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia y sufrió una exclaustración provisional durante el Trienio Liberal, siendo expulsados los monjes en 1820 y regresando en 1823, cuando Fernando VII recupera el poder. El fin de la vida del monasterio llegó en 1835 tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal.