El Convento de San Francisco de Betanzos fue fundado en 1289. El primer patrono del convento fue Fernán Pérez de Andrade "O Boo", que sufragó las obras del edificio en la segunda mitad del siglo XIV junto a los gremios y cofradías de la ciudad. Inicialmente, el convento estaba situado extramuros, pero se integró dentro del casco urbano tras la construcción de una segunda muralla en el siglo XV.

El convento vivió una época de esplendor entre el siglo XV y principios del siglo XVI gracias a las donaciones de las familias nobles de la ciudad, especialmente las de la casa de Ulloa. Además, debido a que se trataba de una comunidad de franciscanos conventuales, en esta época el convento también adquirió diversos bienes inmuebles. Aparentemente, el convento ya disponía de estudios en esta época. En 1524 fue sede del capítulo provincial. En 1565 la ciudad sufrió un grave incendio que también afectó al convento.

Debido a la supresión de los franciscanos conventuales en España, los franciscanos observantes se hicieron cargo del convento el 25 de abril de 1567 y se deshicieron de sus bienes inmuebles. A partir de ese momento, el convento desarrolló intermitentemente estudios de filosofía, moral y gramática. También ofreció clases para estudiantes seglares a partir de 1794. El convento disponía de una amplia biblioteca y el número de sus frailes osciló entre 12 en el siglo XVI y 38 en el siglo XVIII. El edificio del convento fue reformado varias veces entre el siglo XVI y el XVIII.

Las tropas francesas ocuparon y causaron graves daños al convento durante la Guerra de la Independencia (1808-1814), aunque el edificio pudo ser restaurado después del conflicto. El convento fue suprimido definitivamente por la junta de gobierno de La Coruña el 28 de agosto de 1835, tras la publicación del Real Decreto de 25 de julio de ese año suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos. La exclaustración fue confirmada por el Real Decreto de 11 de octubre suprimiendo los monacales.