Su carta de naturaleza la encontramos en las Ordenanzas del 7 de enero de 1588 del rey Felipe II que modificaron y dieron estructura orgánica al Consejo colateral que acompañaba al Monarca para tratar los asuntos de Flandes. Por tanto, el antecedente del Consejo de Flandes lo encontramos en el Consejo Supremo de Flandes y Borgoña creado por el emperador Carlos V en 1555 para asesorar en el gobierno de estos Estados.

Las Ordenanzas de 1588 fijaban su planta y aumentaban el ámbito competencial de una forma similar al resto de los Consejos.

El Consejo de Flandes fue suprimido inicialmente en el año 1598 al nombrar el rey Felipe II a su hija Isabel Clara Eugenia soberana de los Países Bajos. Al año siguiente se casará con el Archiduque Alberto de Austria y se estableció que el territorio debía ser devuelto a la corona española si los archiduques no tenían descendencia, como así ocurrió finalmente.

El archiduque Alberto falleció en 1621 y el Consejo de Flandes volvió a refundarse en 1627. Se suprimió en 1702, aunque siguió funcionando algunos años más para asuntos de trámite.

El Consejo de Estado, a través de la Secretaría del Norte, mediatizaba en gran medida sus competencias, por lo que podemos decir que el Consejo de Flandes era un órgano consultivo de aquel.

El fondo documental del Consejo de Flandes ingresó por transferencia efectuada en el año 1718 desde el Archivo del Consejo de Estado al Archivo General de Simancas (Valladolid).

El grueso documental lo constituyen series homogéneas (de consultas, cartas, consultas, decretos, expedientes de oficio y partes, memoriales, libros registro, etc.) que testimonian las relaciones institucionales con los Gobernadores Generales, Gobernadores y Consejo de cada provincia.

Esta documentación demuestra que la Secretaría del Norte del Consejo de Estado era la que diseñaba la política a seguir y el Consejo de Flandes el que ponía los medios para ejecutarla.