Máximo órgano de vigilancia sobre la rectitud de todas las gestiones y actos efectuados con dinero de la hacienda real, sus orígenes son imprecisos. Parece indudable la existencia del "oficio de cuentas", es decir de un personal más o menos apto y fijo encargado de tal cometido ya a finales del siglo XIII, proporcionando a la documentación pruebas de su importancia durante la siguiente centuria.

Es en 1401 cuando se encuentran unidas por primera vez las palabras "Contadores Mayores de Cuentas", registrándose nombramientos individuales en 1402.

El primer ordenamiento completo conocido sobre esta institución es la carta regia o instrucción, autodenominada ordenanza, promulgada por Juan II en 1437, donde aparece el texto que contiene la regulación básica del órgano titular de la censura de cuentas.

La gran actividad normativa que se produce con el acceso al trono de los Reyes Católicos no hará más que regular prácticas constituidas de facto. En este sentido, la ordenación de la Contaduría de 1478 se limita a revalidar la vigencia de las anteriores, dentro de la tónica general de recordatorio de normas vigentes e incumplidas en tiempos anteriores. En el proceso de creación y consolidación del Consejo de Hacienda a lo largo del siglo XVI, la Contaduría Mayor de Cuentas, aunque ahora intervenida, ampliará su campo de acción al ver su actividad multiplicada por la enorme expansión del gasto y, en función de este, por la copiosa serie de operaciones de crédito y el uso inmoderado de las enajenaciones. Conservará así prácticamente todas sus funciones instrumentales, aunque con un margen mucho menor de independencia, sujeta a las instrucciones concretas del Consejo.

Las modificaciones que experimentan los organismos de Hacienda tanto en esta centuria como en las siguientes sólo afectarán a la Contaduría en cuanto al número de funcionarios y a detalles de su organización, que, en lo fundamental, no varía todo el periodo, llegando casi inalterada hasta el nacimiento de las instituciones actuales. Durante el siglo XVIII continúa siendo el organismo fiscalizador de la Hacienda a pesar de perder atribuciones, al igual que el Consejo, en favor de la Secretaría del Despacho y la Superintendencia. Su cometido se reduce a custodiar las cuentas y a revisarlas careciendo de elementos para la comprobación. Las cuentas se toman, en virtud de disposiciones establecidas en 1761, por los directores generales de rentas mediante el contador principal de la Dirección. La Contaduría Mayor de Cuentas continuará aprobando, sin embargo, las del Tesorero General.

Muy vinculada a la Contaduría Mayor de Hacienda, recibe de ésta la documentación que constituye la base para el ejercicio de su labor.

En 1828 se creó el 'Tribunal Mayor de Cuentas', refundido en 1851 en el 'Tribunal de Cuentas del Reino'. Su función nuclear es la toma de cuentas a todos aquellos que tuvieren encomendadas operaciones de cobranza y pago referidas a la Hacienda Real.

En lo relativo a su composición, al frente se encuentran dos, en ocasiones más, Contadores Mayores de Cuentas auxiliados por sus tenientes.

Del trabajo de despacho se encargaban los contadores menores, distribuidos en oficios: contadores de libros, que asientan los despachos y provisiones, y contadores de resultas, encargados de ordenar y comprobar las cuentas y sacar los alcances o resultas si los hubiere. Asistían además en la Contaduría varios escribanos, un relator, asesores y personal subalterno.

Al menos desde 1478 los Contadores Mayores pudieron designar además un procurador fiscal.

La documentación ingresa en el Archivo General de Simancas (Valladolid) por transferencias sucesivas efectuadas por el órgano productor desde el siglo XVI en adelante.

De acuerdo con las funciones de la Contaduría y su extensa duración en el tiempo, la documentación conservada se caracteriza por ser muy uniforme y al mismo tiempo vastísima.

La tipología documental predominante serán las cuentas, relacionadas de cargos y datas, a las que hay que añadir los documentos que reflejan el complejo proceso de intervención o fiscalización, comenzando por las 'receptas' o relaciones enviadas por la Contaduría Mayor de Hacienda, hasta llegar a los fenecimientos o 'finiquitos'.

El fondo ofrece valiosa información sobre la organización, funcionamiento y competencias de la institución de la que emana, la actuación de los implicados en el manejo de caudales públicos: comisionados, tesoreros, receptores, recaudadores, arrendadores, etc. y sobre todo tipo de asuntos relacionados con estos caudales, en su doble vertiente de ingresos y gastos.

Ingresos: Ordinarios y extraordinarios (alcabalas y tercias, aduanas, seda de Granada, salinas, minas, servicio y montazgo, tabaco, papel sellado, servicios del reino, maestrazgo de las Ordenes Militares, casas de moneda, cruzada, subsidio, penas de cámara, bienes de judíos y moros, venta de oficios, empréstitos, asientos con hombres de negocios...).

Gastos: Ejército (abastecimiento y paga de salarios del ejército regular, de plazas y fortalezas, armadas y galeras, preparación y mantenimiento de las campañas militares, guerra de moriscos de Granada, conquista de Canarias, expediciones a África, guerras de Italia, Portugal, Francia, Inglaterra, Flandes, etc.), Casa Real, etc.