Los carmelitas descalzos llegaron a Córdoba en 1586 y fue el propio San Juan de la Cruz el que fundó el convento en la antigua ermita de San Roque. Años más tarde los descalzos decidieron cambiar el emplazamiento de la comunidad para trasladarse fuera de la ciudad, junto a la puerta del Colodro, allí fundarían posteriormente el convento de San José.

Antes de que los descalzos abandonaran el convento, se realizó una venta del edificio a los carmelitas calzados, que decidieron adquirirlo en una reunión en Sevilla el 25 de enero de 1614. El padre provincial de los calzados, fray Pedro de Carranza, autorizó el 28 de enero de 1614 al padre Fernando Vargas y al padre prior de Córdoba para que realizasen la transacción. También contaron con el permiso del obispo de Córdoba, otorgado el 29 de enero.

La compra de la casa se realizó con la donación de Andrés de Ibarra, que hizo gran fortuna en América, y tras regresar a España vistió el hábito carmelita con 40 años, donando una suma de 5400 ducados que fueron entregados a los descalzos para comprar el edificio. El mismo 29 de enero se realizó la escritura de compra-venta ante el escribano Diego Martínez de Padilla, ese día se tomó posesión de la casa, y se inició un periodo de convivencia con los descalzos que se prolongó hasta el 19 de marzo, fecha en que los descalzos abandonaron San Roque para dirigirse a su nuevo convento.

Los calzados, cuyo convento en Córdoba era el de Nuestra Señora del Carmen, instituyeron en el edificio adquirido un colegio de teología. El primer rector fue el padre Pedro de la Madre de Dios, elegido entre los 15 conventuales el 19 de marzo de 1614 y confirmado por el provincial el 24 del mismo mes. El colegio funcionó hasta el siglo XIX, cuando tuvo que cerrar sus puertas tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal de 1835.