Los orígenes más remotos de la Contaduría Mayor de Hacienda se sitúan en la progresiva pérdida de competencias del Mayordomo Mayor de la Corte en las cuestiones relativas a la administración de la Hacienda del rey y a la toma de cuentas, a favor de unos oficiales que se denominarán sucesivamente: 'Tomador de Cuentas' (Alfonso XI, Cortes de Palencia de 1313), 'Contadores' (Pedro I, Cortes de Valladolid de 1351), y 'Contadores Mayores' (Juan I, Cortes de Palencia de 1388).

Desde la segunda mitad del s. XIV con Enrique III, y más claramente en el s. XV con Juan II, la hacienda regia es administrada ya por dos (o tres) Contadores Mayores de Hacienda y por dos Contadores Mayores de Cuentas, quedando reducida la función del Mayordomo Mayor a la mera administración de la Casa del Rey.

El funcionamiento y composición de la institución irán adquiriendo perfiles más nítidos a lo largo del siglo XV, quedando definitivamente configurados en las Ordenanzas de Madrigal de 1476, que disponen la existencia de dos Contadores Mayores, 16 contadores menores (distribuidos en 8 oficios: Sueldo, Tierras, Acostamientos o Tenencias, Mercedes, Quitaciones, Rentas, Relaciones y Extraordinario), además de un Escribano Mayor de Rentas.

La llegada de Carlos V y la creación del Consejo de Hacienda marcan una nueva etapa en la vida de la Contaduría, al atribuirse al recién creado Consejo las competencias directivas en materia hacendística. Se inicia así un periodo caracterizado por la dualidad de funciones y la conflictividad institucional entre ambos órganos. Reflejo de ello es la constante emisión de ordenanzas e instrucciones que regularán la vida tanto de la Contaduría Mayor de Hacienda como del Consejo.

Por lo que respecta a la Contaduría, las principales novedades introducidas por estas disposiciones (especialmente por las Ordenanzas de La Coruña de 1554) son la reducción de los oficios menores a cuatro: Sueldo (que pasa a encargarse de los asuntos de Tenencias), Rentas (que pasa a hacerse cargo de Quitaciones), Mercedes, y Relaciones (que pasa a encargarse de Extraordinario y Tierras); y la adscripción de tres letrados para entender en los asuntos de justicia, que formarán el Tribunal de Oidores. Posteriormente se añadirán un Tesorero y un fiscal (Ordenanzas de 1568); y dos contadores de la Razón y uno de la Caja (Ordenanzas de 1593).

En el siglo XVII, y pese a la fusión de la Contaduría Mayor de Hacienda con el Consejo de Hacienda en un único organismo denominado Consejo de Hacienda y Contaduría Mayor (Ordenanzas de Lerma de 1602), la organización y funcionamiento de la Contaduría no varían ostensiblemente. Las principales novedades del periodo serán la supresión del Contador de la Caja en virtud de una Cédula de Reformación de 1621, y la aparición de la Contaduría de Millones en la segunda mitad de la centuria, una vez se incorpore la administración de los Millones al Consejo de Hacienda.

El reformismo borbónico acentuará la reforma de la organización hacendística que se había iniciado en la última década del siglo XVII. La tónica general del periodo es la progresiva pérdida de competencias de las instituciones tradicionales -Consejo de Hacienda, Contaduría Mayor de Hacienda - en favor de otras nuevas, principalmente el Superintendente General de Hacienda, y el Secretario de Estado y del Despacho de Hacienda.

Por lo que a la Contaduría Mayor de Hacienda respecta, las reformas irán destinadas a la centralización de la intervención de ingresos y gastos en la Hacienda, mediante la sustitución de la pluralidad de contadurías hasta entonces existente por una única contaduría para el ingreso y otra para el gasto (Real Decreto de 1 de enero de 1717 por el que se crean las Contadurías Generales de Valores, Distribución y Millones), y la creación, reforma y fortalecimiento de la Tesorería General entre 1717 y 1726, que funcionará en estrecha relación con las Contadurías, convirtiéndose en órgano clave de la Hacienda.

El sistema de contadurías se mantuvo hasta bien entrado el siglo XIX (Instrucción dada para el gobierno de la Contaduría Mayor en 30 de junio de 1820). En 1845 se crea la Dirección General del Tesoro, que asume las funciones anteriormente desempeñadas por las distintas contadurías.

El fondo documental se custodia en el Archivo General de Simancas (Valladolid). La mayor parte de la documentación llegó al archivo procedente de las oficinas productoras (o de los archivos de las personas a cuyo cargo estuvo la administración de la Hacienda) una vez concluida su tramitación administrativa.