Sus padres fueron Juan de Borja Enríquez, III duque de Gandía, y de Juana de Aragón. Fue hermano de Francisco de Borja, IV duque de Gandía, también conocido como San Francisco de Borja, superior general de los Jesuitas. Fue tío de Rodrigo Luis de Borja y nieto del papa Alejandro VI. Fue caballero de la Orden de Montesa y comendador de Las Cuevas. Fue elegido cardenal diácono el 19 de diciembre de 1539, siendo investido cardenal el 31 de mayo de 1540. Nació en 1518 en Gandía. Murió en Viterno, de una violenta y desconocida enfermendad. Su cuerpo está enterrado en la Basílica del Vaticano en Roma.