En oficio de 15 de febrero de 1793, el primer secretario de Estado, Manuel Godoy, duque de la Alcudia, en nombre del rey Carlos IV comunica al gobernador del Consejo de Castilla que: "Considerando el Rey que en las actuales circunstancias ocurrirán muchos asuntos urgentes que se deben remitir a la vista y Consulta del Consejo que en examen en los días y horas en que es costumbre celebrarlo interrumpirá el curso ordinario de los negocios; ha resuelto que se forme una comisión de cinco ministros de él con los fiscales, para que con el título de Consejo Extraordinario o particular, como se ha hecho otras veces, vean los expresados asuntos y consulten sobre ellos en cualquier día y a cualquier hora según la urgencia. Lo que de orden de SM participo a VE para que sin dilación proponga los ministros que le parezca se pueden elegir." El 18 de febrero quedan nombrados los ministros encargados de estos asuntos.

En Consulta de 30 de marzo de 1799, los señores del Consejo Extraordinario proponen al rey el cese de sus funciones por haber terminado su necesidad y por resolución de 16 de mayo de 1799 así se decide.

A este Consejo Extraordinario habían de ayudarle dos Juntas, una en Sevilla y otra en Granada. Los tres organismos entendieron en los medios para sostener la campaña contra Francia, incautación de bienes y expulsión de los franceses de España. Se creó igualmente una Junta de Represalias y se atendió a los refugiados procedentes de Francia.

El Consejo Extraordinario jugó un papel determinante en la expulsión de los jesuitas de los territorios españoles.