Según la Ley de Bases de la Organización Sindical de 6 de diciembre de 1940 y otras disposiciones posteriores, los Sindicatos Nacionales disponían de una estructura constituida por un conjunto de órganos deliberantes, directivos, ejecutivos, técnicos y de asesoramiento.

A grandes rasgos, cada uno de ellos debía organizarse de la siguiente forma:

1.- Presidencia del Sindicato Nacional que ostentaba la representación del Sindicato, mantenía el enlace con los órganos de la Delegación Nacional de Sindicatos y con los diferentes Ministerios, y coordinaba la acción y gestión de los diferentes órganos del Sindicato.

1.1.- Junta Central Sindical: órgano colegiado deliberante de ámbito superior que asume la representación general de los intereses encuadrados en el Sindicato.

1.2.- Secretaría Particular de la Presidencia

1.3.- Secretaría Nacional: asumía la dirección del Sindicato en ausencia del Presidente, vigilaba el cumplimiento de las órdenes dictadas por el Presidente, ordenaba el funcionamiento del Sindicato, y dirigía las tareas técnico-administrativas. De ella dependían las siguientes Secciones:

1.3.1.- Sección Económica. Agrupaba los intereses de las empresas y estaba constituida por:

1.3.1.1.- Junta Central de la Sección que estaba compuesta por los representantes elegidos por todas las Juntas de Grupos y Subgrupos Económicos de la rama de producción o de servicios. Sus funciones principales eran: la representación y defensa de los intereses de las empresas; el cumplimiento de las normas dictadas por el Estado; el estudio y propuesta al Gobierno, a través de la Presidencia del Sindicato, de las medidas necesarias para el fomento y desarrollo de la producción, conservación y distribución de los productos, así como la adecuación de sus precios; y, la determinación de estudios y estadísticas económicas. Dependiendo de esta Junta podían existir las siguientes formas de encuadramiento orgánico:

- Juntas de Subgrupos

- Juntas de Grupos

- Juntas de Sectores, y

- Juntas de Ciclos

1.3.2.- Sección Social. Agrupaba los intereses de los trabajadores y estaba constituida por:

1.3.2.1.- Junta Central de la Sección que se formaba por los representantes que componían las Juntas de Grupos Sociales, y le correspondía las siguientes funciones: la representación y defensa de los intereses de los trabajadores; la dirección y realización de la actuación político-social; la iniciativa y propuestas al Gobierno, por medio de la Presidencia del Sindicato, en materia de legislación social y de reglamentación del trabajo; la armonización de los intereses de las diferentes categorías de trabajadores; el apoyo de la mejora de las condiciones económicas de los trabajadores, etc.. Dependiendo de esta Junta podían existir las siguientes formas de encuadramiento orgánico:

- Juntas de Subgrupos

- Juntas de Grupos

Desde un punto de vista administrativo, la Secretaría Nacional contaba con los siguientes órganos:

- Servicio de Administración (organizado en una Sección de Contabilidad y una Sección de Caja)

- Intervención Delegada

- Servicio de Estadística

- Servicio de Publicaciones

- Gabinete Técnico o Asesoría Técnica o Asesoría General

- Asesoría Jurídica

- Comisión Ejecutiva Delegada formada por un Presidente (el Presidente del Sindicato), un Vicepresidente (el Secretario Nacional), varios representantes de las Secciones Centrales Económica y Social, el Administrador, el Interventor Delegado, y el Asesor Jurídico. Su función principal era el conocimiento y deliberación acerca de los asuntos económicos-administrativos del Sindicato.

A su vez cada una de las Secciones Económica y Social podía tener una Secretaría.

Con posterioridad, se produjo un importante cambio legislativo que afectó por completo a la estructura de los Sindicatos Nacionales arriba vista. Así, según estableció la Ley Sindical 2/1971, de 17 de febrero, y el posterior Reglamento General de Sindicatos de 1973 (Decreto 599/1973, de 29 de marzo), el Sindicato Nacional estaba integrado por:

- Unión de Trabajadores y Técnicos

- Unión de Empresarios

Cada una de estas uniones u organizaciones profesionales constaba de los siguientes órganos de gobierno:

- Junta General, que elegía de entre sus miembros a un Presidente.

- Comisión Permanente y

- Comité Ejecutivo

La administración y gobierno del Sindicato Nacional estaba a cargo de:

- Presidencia, a la que correspondían las funciones de alta dirección y gestión, presidencia de los órganos de gobierno y ejecución de sus acuerdos, así como la representación legal del Sindicato; y

- Junta General, que era el superior órgano colegiado del Sindicato y que estaba formado por igual número de representantes de la Unión de Empresarios y de la Unión de Trabajadores y Técnicos elegidos por sus respectivas Juntas Generales. Este órgano podía funcionar en Pleno, en Comisión Permanente y en Comité Ejecutivo, actuando como Vicepresidentes del mismo los Presidentes de las Uniones respectivas

Desde el punto de vista administrativo, el Sindicato Nacional podía estar conformado por, al menos, los siguientes órganos:

- Secretaría

- Servicio de Administración, a cuyo frente estaba un Administrador que, entre otras funciones, tenía el cometido de custodiar los fondos del Sindicato y firmar con el Interventor todos los documentos de cobros y pagos

- Servicio de Intervención, a cuyo frente estaba un Interventor encargado, a grandes rasgos, de la fiscalización de la gestión económica y financiera

El Sindicato Vertical fue abolido por el Gobierno de Adolfo Suárez en 1976, y los sindicatos de clase fueron legalizados definitivamente el 30 de abril de 1977. Reconvirtieron el Sindicato Vertical en la Administración Institucional de Servicios Socioprofesionales (AISS), que ostentó la propiedad o gestión del llamado Patrimonio Sindical Acumulado (PSA).