El Colegio de San Jerónimo de la Universidad de Alcalá era también conocido como Colegio Trilingüe, por estar destinadas sus becas al estudio de las tres lenguas clásicas: griego, hebreo y latín.

Este colegio fue fundado en 1528 por el rector del Colegio de San Ildefonso, Mateo Pascual Catalán, diez años después de la muerte del cardenal Francisco Jiinénez de Cisneros y siguiendo la prescripción del cardenal, de emplear en nuevas fundaciones de colegios los incrementos de rentas de la universidad.

Se programó para 30 colegiales: 10 de griego, 10 de hebreo, y 10 de latín, con tres familiares. El Colegio fue clausurado en 1777, tras la profunda reestructuración universitaria de los años 1771 y 1777, por iniciativa del ministro Roda y bajo ejecución de Francisco Pérez Bayer, quedando integrado el Colegio, junto con seis de los siete colegios menores levantados por Cisneros, en el Colegio de la Imnaculada Concepción, cuya Real Orden de fundación será del 13 de marzo de 1779. La reforma del cancelario Pedro Díaz de Rojas lo incorporó en 1779 junto con los restantes colegios menores dependientes del de San Ildefonso al de la Inmaculada Concepción.

El fondo documental del Colegio Trilingüe se custodia en la Sección Universidades del Archivo Histórico Nacional (AHN) de Madrid. La parte más completa de la documentación conservada se corresponde a las actas de capillas, que comienzan casi un siglo después de su fundación (1638-1778), y a las cuentas de gastos de semanería o de refectorio del Colegio (1613-1780). También están disponibles los inventarios de la biblioteca y de bienes muebles (1652-1713), un libro de eleccciones de cargos (1751-1777) y otro de ejercicios literarios (1767-1777). Se han conservado también algunos documentos sueltos relativos a libramientos y gastos del Colegio y autos del rector, provisiones de dispensas y otros asuntos de colegiales (1547-1771).