En el año 1415 la ciudad de Ceuta es tomada por la corona portuguesa. El edificio que fue la Almadrassa o universidad se convierte en un convento franciscano.

Hasta 1568 pertenecerá a esta orden hasta que se hace una permuta con los trinitarios portugueses para que ellos lo ocupen. A cambio del convento en Ceuta, desde donde podrían realizar mejor su tarea de redención de cautivos, estos entregan a los franciscanos su convento de Tanger.

Esta situación se mantiene hasta 1640, cuando los trinitarios portugueses deben abandonar el convento entregándoselo a los trinitarios descalzos de Andalucía.

En el siglo XVII se realizan proyectos de obra para acondicionar el convento para que puedan habitar en el los frailes.

El conjunto se formaba por el convento de la Santísima Trinidad, la iglesia de Nuestra Señora de Gracia y por el Real Colegio de Trinitarios.

Se mantendría activo hasta el año 1820 cuando los decretos de exclaustración del Trienio Liberal afectan a la orden y a esta casa. En 1824, pasado el gobierno del Trienio Liberal, los monjes vuelven a ocupar el convento pero en 1835, ya de forma definitiva, deben abandonar el convento y la ciudad.

Desde ese momento el edificio recibirá diferentes usos. Desde alquiler de viviendas hasta sede de pabellones militares, al menos una parte del conjunto conventual.

A finales del siglo XIX será demolido por el estado de ruina en el que se encontraba.