En el paraje de Los Llanos existía desde antiguo el culto a una virgen conocida como Nuestra Señora de Los Llanos. Según la tradición la imagen habría sido realizada por San Lucas y escondida por el apóstol Santiago. El culto a la virgen era muy popular, tanto es así que en el 1591 se inaugura una procesión anual que lleva a la imagen desde la ermita hasta San Juan.

Con el tiempo la imagen sería conocida como Santa María de Los Llanos y se convertiría en la patrona de la villa de Albacete. Debido a esta fama las donaciones que recibía la ermita por parte de los vecinos eran numerosas, y por ello se realizan unas obras de reforma y ampliación de la ermita en 1628. En 1672 se funda el convento de franciscanos descalzos de Nuestra Señora de Los Llanos. La fundación se realiza aneja a la ermita que a partir de ahora pasaría a ser parte del complejo conventual.

En el s.XIX comienza la decadencia del convento. En 1820, durante el trienio liberal, ve reducido el número de sus objetos artísticos (vidrieras, retablos etc...) como resultado de la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos. En 1835 el convento cierra definitivamente sus puertas al ser aplicados los decretos de excalustración de Mendizábal.