Los mercedarios se instalan en Burgos hacia 1272 en una pequeña casa cercana al antiguo Hospital de San Lázaro. La existencia de esta comunidad burgalesa esta certificada en una bula de 1291, junto a otras del norte de Castilla como Valladolid o Medina del Campo, todas ellas levantadas gracias al impulso de Fray Pedro de Amer, uno de los más importantes Maestres de la Merced y primer legislador de la Orden.

A principios del siglo XV los mercedarios decidieron abandonan ese primer emplazamiento para instlarse en el que será el definitivo convento, un lugar más céntrico de Burgos, situado junto a la ribera izquierda del río Arlanzón. La fundación del nuevo Convento de la Merced data aproximadamente del año 1430, aunque las obras se debieron prolongar durante todo el siglo XV y principios del XVI. En este traslado jugó un importante papel el obispo Don Alonso de Cartagena, aunque los principales promotores del nuevo convento fueron los propios monjes mercedarios apoyados por los nobles señores burgaleses Don Francisco del Castillo, regidor de la ciudad, y su esposa Doña Leonor de Pesquera.

El convento se edificó sobre los planos de la familia de arquitectos apellidada Colonia y fue dotado de "buenos préstamos y ricas alhajas" por la familia Castillo y sus descendientes. Don Francisco y su esposa se hicieron Patronos del convento y en él recibieron sepultura bajo el epitafio "fundaron y acabaron este Monasterio".

Los Prelados de este Convento eran Jueces conservadores del Cabildo y de la cofradía de Roque Amador, tenía Casa de Estudios de Artes y Teología y de sus muros salieron importantes historiadores de la Orden como el fraile Melchor Prieto o Bernardo Palacios.

Los mercedarios estuvieron en el convento desde su fundación hasta la desamortización de Mendizábal que exclaustró los últimos 37 religiosos que quedaban en el convento. Después del expolio del edificio y de acoger varias actividades el jesuita Luís Martín, burgalés y provincial de Castilla, se hizo con las instalaciones a finales del siglo XIX.

En 1891 reabre al culto la Iglesia bajo la jurisdicción de la Compañía de Jesús, que permanece en ella hasta el día de hoy. El edificio conventual fue restaurado y acondicionado pasando a formar parte de un complejo hostelero.