El Convento de Nuestra Señora de los Remedios de Antequera fue fundado por fray Martín de las Cruces el 1 de noviembre de 1519. Inicialmente estaba situado lejos de la ciudad, en la antigua ermita de las Suertes. La advocación del convento se debe a que la ermita custodiaba una imagen de la Virgen de los Remedios, que se convirtió en patrona de Antequera en 1546. Debido a su lejanía de la ciudad, en 1607 los frailes se trasladaron sin autorización a la ermita de Belén, extramuros de Antequera, y poco después a la ermita de San Bartolomé, en la calle Estepa. Debido a ello tuvieron que sostener varios pleitos con las otras órdenes religiosas de la ciudad. Las obras de la iglesia se iniciaron en 1628 bajo la dirección de Fernando de Oviedo, Gonzalo Yáñez, Francisco y Pedro de Arévalo.

El convento vivía de la labranza de la tierra y la venta de vino. El número de frailes osciló entre un máximo de 67 en el siglo XVIII y un mínimo de 28 en sus últimos años. Se dedicaban principalmente a la oración, la predicación y la confesión. El convento disponía de casa de noviciado y de dos cátedras públicas de teología eclesiástica, un lector de teología moral y un lector de vísperas.

La Guerra de la Independencia (1808-1814) interrumpió la vida del convento. Los frailes se vieron obligados a entregar parte de sus alhajas de plata a la Junta Suprema Central para sus gastos bélicos y posteriormente tuvieron que abandonar el convento y vivir en casas particulares hasta que terminó el conflicto. El convento fue restaurado después de la guerra, aunque las obras de reparación exigieron la ayuda del Capítulo Provincial de la orden. Fue suprimido definitivamente por los decretos de exclaustración de 1835. La iglesia ha continuado abierta al culto hasta la actualidad.